Более важное событие вскоре окончательно обострило настроения и разожгло ту сильную ненависть, которая должна была обагрить кровью весь Восток.
Остров Наксос, один из Киклад, был охвачен волнениями, вызванными бесконечной борьбой между бедностью и богатством, демократией и аристократией, которая бушевала во всех греческих республиках; народ одержал верх и изгнал из Наксоса самых богатых граждан. Они нашли убежище в Милете, где правил Аристагор, и умоляли его помочь им вернуться на родину.
Аристагор отправился в Сарды, где находился сатрап Артаферн, брат персидского царя: он намекнул ему, что завоевание Наксоса будет легким; что его падение повлечет за собой падение острова Эвбея (ныне Негропонт) и откроет свободный путь в Грецию.
Дарий, узнав от своего брата об этом предложении, с жадностью его принял и поручил своему родственнику по имени Мегабаз возглавить экспедицию под руководством Аристагора. Предприятие не увенчалось успехом: Мегабаз с нетерпением переносил, что такой князь, как он, должен подчиняться приказам грека, ионийца; он тайно предупредил правительство Наксоса о готовящейся атаке. Наксийцы, которых хотели застать врасплох, упорно защищались: после четырех месяцев осады персы были вынуждены отступить.
Мегабаз приписал свою неудачу предательству Аристагора и обвинил его перед Артаферном, который поклялся его погубить.
Аристагор искал спасения в восстании; он объехал Ионию, чтобы поднять ее: эта провинция была полна колоний, основанных греками, изгнанными Гераклидами из Пелопоннеса. Аристагор сумел пробудить в них любовь к их древней родине и легко убедил их объединиться с греками. Ионийцы, убежденные, что рабство станет их уделом, если они позволят поработить Грецию, взялись за оружие, перестали признавать власть персидского царя, изгнали его войска из своих городов и захватили корабли, находившиеся в их портах.
Аристагор отправился в Спарту. Там правил Клеомен: он представил ему, что достойно свободного народа освободить ионийцев от позорного и тяжкого ига, сорвать планы Дария, опередив их, и перенести войну в самое сердце Персии, вместо того чтобы ждать ее в Греции.
Некоторые авторы утверждают, что Клеомен, убежденный его доводами и подкупленный подарком в пятьдесят талантов, пообещал вступить в союз с ионийцами; другие говорят, и эта версия более правдоподобна и соответствует нравам Спарты, что он изгнал Аристагора из города. Рассказывают даже, что Горго, восьмилетняя дочь Клеомена, присутствовавшая при этом разговоре, воскликнула: «Отец, бегите от этого чужеземца, он вас развратит». Что точно известно, так это то, что Аристагор, не получив помощи от Лакедемона, отправился в Афины, где был принят гораздо лучше. Афиняне, обеспокоенные миссией Демокеда, встревоженные экспедицией на Наксос, были сильно раздражены угрозами Артаферна, который хотел заставить их снова подчиниться игу Гиппия. Они предоставили Аристагору двадцать кораблей, которые он объединил с силами восставшей Ионии.