Не теряя времени, он двинулся на город Сарды: Артаферн, застигнутый врасплох, эвакуировал его, не успев подготовить к обороне. Один ионийский солдат поджег дом, и, так как все дома были построены из дерева, пожар быстро распространился, и весь город был обращен в пепел.
Персидские войска, собравшиеся вместе, прибыли слишком поздно, чтобы спасти Сарды; но они разбили ионийцев и заставили их отступить.
Когда Дарий узнал, что афиняне своей помощью способствовали разрушению одного из его прекраснейших городов, он пришел в ярость, поклялся отомстить грекам и приказал, чтобы каждый день за столом один из его офицеров кричал ему: «Государь, помните об афинянах».
Аристагор, не имея возможности противостоять силам Артаферна, направил свои войска против Византия; но персы разбили его и убили. Затем они объединились, чтобы атаковать Милет. Ионийцы и их союзники выставили против них значительные силы и триста пятьдесят кораблей.
Свободные народы непобедимы, когда они едины, но обречены, как только разделяются. Интриги персидского двора и обманчивые намеки разъединили интересы и разрушили союз союзников. Персидский царь, воспользовавшись этим раздором, захватил Милет и предал его жителей мечу.
Гистией, дядя Аристагора и князь Милета, незадолго до этого оказал Дарию большую услугу, спас его армию, предотвратив попытку фракийцев разрушить мост, чье разрушение лишило бы царя всех средств отступления, когда он преследовался скифами. Поэтому, несмотря на все усилия Артаферна погубить Гистиея, царь, даже воюя с ним, всегда сохранял к нему некоторую благосклонность. После разрушения Милета Гистией во главе нескольких ионийских отрядов вторгся в Мисию. Сатрап Гарпаг разбил его, захватил в плен и передал Артаферну, который, не дожидаясь никаких приказов, казнил его и отправил его голову царю.
Восстание Ионии, разрушение Сард и решимость восстановить тиранию Гиппия сделали войну неизбежной, а любое примирение невозможным. Дарий считал, что одного усилия будет достаточно, чтобы сокрушить греков: он собрал триста кораблей и сильную сухопутную армию и поручил командование Мардонию, своему зятю, гордому князю, генералу без талантов и опыта.
Флот, обогнув гору Афон, был уничтожен бурей. Мардоний, прибыв во Фракию, пренебрег мерами предосторожности; фракийцы ночью напали на его лагерь и устроили там кровавую резню. Генерал поспешно бежал в Персию с остатками своей армии, позорно завершив эту первую кампанию.