Римская армия, обладая лучшей организацией, численным превосходством и военной дисциплиной, методично подавила сопротивление зилотов. Захват Иерусалима и разрушение Храма стали концом их движения. Оставшиеся группы бежали в крепость Масада, где в 73 году н. э. произошло их последнее столкновение с римлянами. Согласно преданию, перед штурмом Масады её защитники покончили с собой, чтобы не попасть в плен.
Главный вывод, который можно сделать из истории зилотов и сикариев, заключается в том, что бессистемное насилие без стратегического руководства приводит к поражению. Хотя их идеи о национальной независимости были популярны, отсутствие координации, внутренние конфликты и крайний радикализм ослабили их движение и сделали его уязвимым перед римской военной машиной. Восстание 66—73 гг. н. э. не только не освободило Иудею, но и привело к её полному разрушению и рассеянию еврейского населения.
Некоторые исследователи считают, что влияние зилотов не ограничивалось только борьбой против Рима, но также оказало воздействие на раннее христианство. Их идея о верховенстве Бога над любой земной властью частично перекликалась с учением Иисуса, хотя он, в отличие от зилотов, не проповедовал насилие. Вопрос о том, были ли среди учеников Иисуса последователи зилотского движения, остаётся предметом дискуссий. В Новом Завете один из апостолов называется «Симон Зилот», что может свидетельствовать о его связях с радикальными националистическими кругами.
Поражение зилотов показало, что Рим невозможно одолеть без хорошо организованного восстания, имеющего чёткую политическую программу. Их радикальные методы привели к трагическим последствиям, разрушению Иерусалима и гибели тысяч людей. Эта история стала предостережением о том, что фанатизм и насилие без стратегического видения ведут к катастрофе.