Статуя пострадала после землетрясения в 170 году до н. э., затем была отреставрирована скульптором Димофоном. В разное время с неё исчезло золото.
В 319 году до н. э., после победы христианства над языческой религией, императором Феодосием были закрыты все храмы и запрещены служения культа языческих богов. Также были запрещены Олимпийские игры как почитающие Зевса – языческого демона. Всё имущество языческих храмов, а оно, надо признать, было обширным и богатым: золото, слоновая кость, разные пожертвования, произведения искусства – было изъято. Храм неоднократно подвергался грабежу.
В 408 году н. э. законодательно потребовали вынести все статуи из языческих храмов. Христиане рубили статуям головы, выкалывали глаза, лишали статуй носов, чтобы демоны, находившиеся в них, не могли ни видеть, ни вдыхать воздух и, наконец, вымерли, оставив мир победившей христианской цивилизации.
30 лет спустя, в 426 году н. э., Феодосий II довершил начатое, предав огню святилище и храм Зевса.
Что случилось конкретно со статуей Зевса – неизвестно, пережила ли она волны этого разрушения старого мира и в какую волну погибла под руками фанатиков – сказать точно никто не может. Но есть мнение, что она была перенесена в Константинополь и где-то в V–VI веках была утеряна.
Языческое святилище, уже разорённое христианами, было окончательно разрушено в 551 году землетрясением и скрылось под осадочными породами от наводнения. Г-н Вётт и учёные из Германского археологического института, а также университетов Ахена, Гамбурга, Дармштадта, Кёльна и Фрайбурга показали, что Олимпия действительно несколько раз переживала мощные наводнения, которые несли с собой огромные массы осадка. Присутствие останков моллюсков и раковин брюхоногих, а также микроорганизмов (в частности, фораминифер) говорит о морском происхождении осадка. Против землетрясения говорит и то, что фрагменты рухнувших колонн лежат не друг на друге, а так, словно они «плавали» в осадочных породах. По-видимому, именно цунами окончательно уничтожило храм Зевса Олимпийского. Цунами в Восточном Средиземноморье – сравнительно частое явление.
В 1954–1958 годах по записям, сделанным Павсанием, была обнаружена мастерская Фидия. Археологи нашли здесь некоторые приспособления, нужные для обработки золота и слоновой кости, крошки драгоценных камней, костяные щепы и множество терракотовых форм для литья. Это всё, что осталось от когда-то величественного чуда света, которым восхищались люди, которому поклонялись верующие. К которому шли со своими надеждами спортсмены. Так умирают боги.