Амарна стала переломной эпохой и для египетской словесности: новоегипетский язык с этого времени окончательно вытесняет более древний среднеегипетский; создаются шедевры египетской поэзии – любовная лирика, получившая широкое распространение в Египте во второй половине Нового царства, и «Гимн Атону», авторство которого иногда приписывается самому фараону. Джеймс Брэстед усмотрел в нескольких метафорах параллели между «Гимном Атону» и 104 библейским псалмом.
К 9-10 годам правления Эхнатона относятся первые известные нам случаи преследования бога отверженной столицы – Амона, его имя попало под запрет. Около 12-го года нетерпимость Эхнатона к другим богам дошла до крайности. Атон был провозглашен единственным божественным началом, культы всех прочих богов были запрещены, храмы закрыты, а жрецы, возможно, разогнаны. Стремясь пресечь почитание богов, Эхнатон приказал повсеместно уничтожать их имена и в некоторых случаях изображения.
Особенно тщательно стиралось и соскабливалось имя Амона, а также имена Мут и Хонсу – составляющие вместе с Амоном так называемую фиванскую триаду. Фараон не щадил даже личного имени отца «Аменхотеп» и уродовал его, уничтожая составную часть из имени Амона, или заменял царским именем «Ниб-маат-Ра». Слово «мать» (мут) в гробнице Тии он писал фонетически, чтобы избежать правописания при помощи знака коршуна, которым писалось имя богини Мут. В письме было исключено использование знака бараньей головы, символизировавшего Амона. Этот же знак стирался в старых надписях. В изображениях уничтожались рисунки гуся, который также являлся священным животным Амона. Масштаб проделанных работ по стиранию имен и знаков богов свидетельствует о том, что для их осуществления были задействованы значительные силы. В пределах всей страны имя Амона и его изображения истреблялись на стенах храмов, на обелисках, на изваяниях, на плитах, в гробницах, на амулетах, даже в письмах иноземных правителей. В тот же период из речи исключили само слово «бог». Даже Атона больше не называли богом, теперь его и фараона именовали правителями.
Тем временем Атону возводились храмы по всему Египту (Фивы, Ахет-Атон, Гем-Атон, Гелиополь, Мемфис, Гермополь, Фаюм). Эти храмы наделялись большими земельными массивами, охотничьими и рыбными угодьями, скотом, пастбищами, обеспечивались рабочей силой. Был учрежден большой штат жрецов – служителей культа Атона. Они, как это видно из памятников той поры, были в основном представителями новой служилой знати.