Столь радикальные преобразования должны были вызвать сопротивление жречества и знати. Однако если сопротивление имело место, сведения об этом до нас не дошли. Некоторые туманные намёки на расправы с неугодными фараону можно усмотреть в надписи Туту – главного жреца Атона. Он упоминает, что всякий непокорный воли фараона будет казнён, а его тело сожжено. Последнее обстоятельство особенно важно, так как уничтожение тела для египтян означало окончательное прекращение существования.
Идея о том, что Эхнатон был пионером монотеистической религии, которая позже стала иудаизмом, рассматривалась различными учеными.
Общепризнано, что между Великим гимном Эхнатона Атону и библейским псалмом 103 существует сильное стилистическое сходство, хотя эта форма письма была широко распространена в Древней ближневосточной гимнологии как до, так и после этого периода.
Источники о последних годах правления Эхнатона скудны, в первую очередь из-за последующих попыток уничтожить память о нём. Хронологию позволяют проследить печати от кувшинов для вина, на которых писали год правления фараона. Последний известный год правления Эхнатона – 17-й.
Культ Атона, возвышение новой знати и внешнеполитическое ослабление государства порождали оппозицию старой элиты, включая жречество. Помимо внешней политики Эхнатон уделял мало внимания и внутренним делам, что приводило к самоуправству местных чиновников, от которого страдало население. Религия Эхнатона была элитарной. Она вращалась вокруг фигуры царя и его приближённых. Абстрактный, элитарный культ Атона, лишённый мифологии, был далёк от повседневных проблем и чаяний народа, не понимавшего смысла нововведений и всё более страдавшего от начавшегося экономического упадка. Раскопки показали, что даже в Ахетатоне простые жители дома отправляли ритуалы прежних богов. В последние годы правления Эхнатона Египет и восточное Средиземноморье постигла эпидемия, которая без сомнения ослабила власть фараона и его двора. После смерти Эхнатона на введённый им культ был наложен запрет, и верховным божеством поклонения вновь стал Амон. Однако, вероятно, что культ Атона не исчез сразу – идеи Эхнатона поддерживались рядом людей ещё на протяжении одного поколения.
По некоторым смутным и неопределённым фактам, можно предположить, что в последние годы правления культ вновь подвергся коррекции. В частности, чаще употреблялось божественное имя Ра. На изображениях последних лет царствования Эхнатон появляется в сопровождении двух юношей – Сменхкара и Тутанхатона. С 15-го года правления Эхнатона имя Нефертити не упоминается, как это было ранее, рядом с именем фараона, хотя известно, что она была жива и после смерти супруга.