Процесс по делу ГКЧП продолжался с 14 апреля 1993 года до 1 марта 1994 года. Многие из двенадцати подсудимых: Крючков, Язов, Шейнин, Бакланов, Павлов, Варенников, Плеханов, Пуго, Янаев, Лукьянов, Стародубцев, Тизяков, пытались затянуть процесс – кто-то заявлял о болезни, кто-то объявлял отвод судей или заявлял дополнительные ходатайства.
Именитых подсудимых защищали известные адвокаты – Резник, Падва и Штейнберг. Общественное мнение в значительной мере на стороне подсудимых. Но команда Ельцина неумолимо требовала скорого и сурового суда. Несмотря на это, судебный процесс так и не был завершен.
Согласно приказу № 140 председатель внутренней комиссии по расследованию деятельности КГБ во время попытки государственного переворота генерал Титов был смещен, и новым председателем назначен Олейников. В течение всего сентября продолжалось расследование «путча» силами Инспекторского управления КГБ, в ходе которого у личного состава 12-го отдела отбирались объяснительные записки.
К сожалению, среди тех, кого допрашивали следователи, в том числе и в военной контрразведке, находились сотрудники, которые не только добросовестно отвечали на поставленные вопросы, но и сообщали много лишнего, не брезгуя докладывать абсолютно лживую информацию. Как говорится, ничего личного, зато много лишнего…
Накануне суда генеральный прокурор Степанков и главный следователь по делу ГКЧП Лисов выпустили книгу «Кремлевский заговор», в которой было сформулировано обвинительное заключение против подсудимых. За разглашение тайны следствия Степанков был уволен, а девять гособвинителей суд просил заменить на беспристрастных, но после двух месяцев ожидания процесс был начат с прежним составом обвинения.
Судьи не успели допросить всех обвиняемых, когда 23 февраля 1994 года Госдума объявила амнистию, потребовав «прекратить все уголовные дела, которые находятся в производстве по событиям 19–21 августа 1991-го, связанные с образованием ГКЧП».
Все подсудимые, кроме генерала Варенникова, заявили о своей невиновности, но амнистию приняли. Продолжал судиться только Варенников, который впоследствии был оправдан. Выйдя из тюрьмы, Варенников стал депутатом Госдумы. После освобождения из-под стражи в январе 1993 года бывший председатель КГБ СССР Владимир Крючков в январе 1993 года работал в «Экспериментальном творческом центре» под руководством Кургиняна. Еще через несколько лет бывшего гэкачеписта Язова президент России Путин к 80-летию наградил орденом Почета.