Начальник военной контрразведки вице-адмирал Жардецкий, прослуживший в этой должности с ноября 1990-го, был уволен в августе 1991 года по возрасту. Бакатин, поставленный во главе КГБ с задачей его уничтожения, начал процесс с увольнения своих идейных противников. Потребовав от Жардецкого отчета о действиях военной контрразведки во время ГКЧП, он в ответ нарвался на грубость, что послужило фомальным поводом для немедленной отставки и установления за ним наружного наблюдения. Адмирала вначале вообще лишили пенсии, но через пару лет вернули её, сократив почти вдвое. Ничего личного, просто мелкая месть со стороны новой власти.
На его место в январе 1992 года был назначен генерал-майор Моляков (в 1984–1988 годах – начальник Первого отдела военной контрразведки, а с 1988-го до ликвидации КГБ в августе 1991 года – начальник Особого отдела КГБ МВО), который в 1998–1999 годах стал заместителем секретаря Совбеза.
Участие КГБ в ГКЧП вряд ли можно назвать участием, внутри него уже существовали непримиримые противоречия. Там были те, кто готов был пожертвовать собой за сохранение существующего строя; их было большинство, но были и предатели.
Те чекисты, которые были за сохранение СССР и симпатизировали ГКЧП, в эти дни строго следовали приказам и указаниям начальства, которое бездействовало, и были безынициативны и предсказуемы в своих действиях. Зато «оборотни» в их рядах решительно вступали в несанкционированные контакты с демократической оппозицией и представителями западных спецслужб и предавали интересы своего ведомства.
С августа по ноябрь 1991 года для КГБ наступили «черные дни». Уже 23 августа Президент СССР Горбачёв и президенты союзных республик предложили Вадиму Бакатину возглавить КГБ для его реформирования. Бакатин считал более подходящей кандидатуру председателя Комитета по безопасности ВС СССР Юрия Рыжова. Но Горбачёв подписал указ о его назначении. Один из первых приказов Бакатина требовал – «Все приказы КГБ СССР публиковать в печати».
Тогда же, 24 августа, президент России Ельцин издал Указ о передаче архивов КГБ на государственное хранение!
И Бакатин начал вывод из состава КГБ отдельных структур, переподчинение их другим ведомствам или придание самостоятельного статуса. Бакатин ожидал от чекистов ропота или даже сопротивления, но оказалось, что многие структуры с нескрываемым удовольствием уходили из-под эгиды КГБ, так как это приводило к повышению их статуса и открывало для руководителей блестящие перспективы роста и получения генеральских званий.