Сразу же после путча началось избиение чекистов. По самым скромным оценкам, было арестовано более двухсот руководителей госбезопасности. Среди расстрелянных такие выдающиеся деятели отечественных спецслужб, внёсшие огромный вклад в Победу советского народа над нацистской Германией, как, например, руководитель Главного управления госбезопасности (ГУГБ) НКВД СССР в 1938–1941 годах, нарком (министр) государственной безопасности СССР в 1941 и с 1943 по 1946 годы, министр государственного контроля СССР в 1950–1953 годах, руководитель личной разведки Сталина генерал армии Всеволод Николаевич Меркулов; нарком (министр) государственной безопасности УССР, заместитель начальника ГУКР «Смерш», одновременно с 11 января 1945 года Уполномоченный НКВД СССР по 1‑му Украинскому фронту и со 2 мая по 4 июля 1945 года заместитель командующего 1‑м Украинским фронтом маршала Конева по делам гражданской администрации генерал-лейтенант Павел Яковлевич Мешик, который с августа 1945 года в ранге заместителя начальника ПГУ при СНК СССР генерал-полковника Ванникова Б.Л. (заместителя Берии по Спецкомитету) руководил контрразведывательным обеспечением советского Атомного проекта. Вместе с ними были казнены первый заместитель министра госбезопасности СССР, начальник 3‑го Главного управления (военная контрразведка) МВД СССР генерал-полковник Сергей Арсеньевич Гоглидзе, заместитель наркома внутренних дел СССР, первый заместитель наркома госбезопасности СССР, первый заместитель министра внутренних дел СССР генерал-полковник Богдан Захарович Кобулов, заместитель начальника ГУГБ НКВД СССР, заместитель наркома (министра) иностранных дел СССР, министр внутренних дел Грузинской ССР Владимир Георгиевич Деканозов, начальник Следственной части по особо важным делам НКВД – НКГБ – МГБ – МВД СССР генерал-лейтенант Лев Емельянович Влодзимирский, через руки которого проходили все дела на высокопоставленных взяточников, коррупционеров и карьеристов, в том числе из числа военных и партийных работников. Вскоре были расстреляны заместитель начальника Отдела «С» (координация разведработы по атомной проблеме) НКВД СССР, начальник Главного управления по делам военнопленных и интернированных (ГУПВИ) НКВД – МВД СССР генерал-лейтенант Амаяк Захарович Кобулов и легендарный начальник Главного управления контрразведки «Смерш» народного комиссариата обороны СССР, заместитель наркома обороны Иосифа Виссарионовича Сталина, министр государственной безопасности СССР с 1946 по 1951 год генерал-полковник Виктор Семёнович Абакумов.