Существуют также специализированные таможенные управления: Региональное оперативно-поисковое, Региональное таможенное управление радиоэлектронной безопасности объектов таможенной инфраструктуры, Центральное информационно-техническое таможенное управление (ЦИТТУ), Центральное экспертно-криминалистическое таможенное управление (ЦЭКТУ).
Вне структуры управления РТУ находятся таможни в непосредственном подчинении ФТС России: Домодедовская, Внуковская, Шереметьевская, Центральная энергетическая, Центральная акцизная, Центральная почтовая, Московская, Калининградская областная, Центральная (Кинологический центр) и Центральная базовая. Есть особые подразделения: Абхазский таможенный пост (специализированный) и Юго-Осетинский таможенный пост (также специализированный). Еще есть Научно-инновационный таможенный пост в структуре Московской таможни.
Всего на 2024 год насчитывается 91 пост таможен центрального подчинения и 423 поста, подчиненных 66 региональным таможням. Среди таможен центрального подчинения примечательны 17 постов Центральной акцизной таможни и 7 постов Центральной энергетической таможни.
В каждом региональном управлении помимо территориальных таможен имеется так называемая «оперативная». В ее полномочия входит комплекс оперативно-розыскных мероприятий и меры по пресечению правонарушений. Именно она собирает материалы для серьезных уголовных дел, возбуждая производство и передавая дело в судебную систему.
Структура таможенных управлений регламентирована приказом ФТС России № 443 от 16.05.2006. В структуре центрального аппарата региональных таможенных управлений насчитываются десятки подразделений, простое перечисление которых займет не одну страницу, начиная от юридической и статистической служб и заканчивая управлениями гражданской обороны, отделами по социальному развитию и социальному обеспечению.
Интерес для нас представляет ОПСУР (Отдел координации и применения системы управления рисками), как непосредственно влияющая на участника ВЭД структура. Эти ребята приезжают, когда на вас падает подозрение в махинациях и контрабанде. Основные формальные задачи, возложенные на «СУРков», – координация применения мер системы управления рисками, контроль инспекционно-досмотровых комплексов (ИДК) и т. п. Естественно, они заинтересованы найти что-нибудь, оправдывающее их приезд. Если уж дело дошло до знакомства с ОПСУР, не ждите от них доброты и снисходительности – за низкую результативность следуют серьезные дисциплинарные и иные карательные меры и оргвыводы. Состоять отдел может из группы контроля таможенных процедур и операций, группы анализа и учета рисков, группы координации и развития СУР и иных.