С русской стороны одним из основных условий заключения брака было сохранение невестой православной веры. Даже сам обряд венчания не был ни чисто католическим, ни православным. Он совмещал элементы обеих церемоний. Супружество, несмотря на немалую разницу в возрасте, оказалось счастливым. Александр любил жену, в вопросах религии ни на чём не настаивал. Та же быстро завоевала симпатии православного населения Литовского государства.
В декабре 1501 года Александр Ягеллончик стал королём Польши. Свою православную королеву католическая шляхта никогда не воспринимала с одобрением, считая её шпионкой Москвы. Теперь же духовенство отказалось короновать Елену Ивановну, поставив обязательным условием коронации переход в католичество. Уговоры шли постоянно, но ни к чему не привели. Более того, сложившаяся ситуация не способствовала укреплению мира. На границе вновь начались боевые действия.
В 1506 году, через одиннадцать лет после свадьбы, король Александр умер. Всё это время, разрываясь между мужем и отцом, русская королева Литвы и Польши сглаживала, как могла, все напряжённые моменты в отношениях между Москвой и Вильно, однако примирить два государства ей не удалось. К тому же у супружеской пары не было детей, что для царствующей династии являлось настоящим несчастьем.
Брат Елены Василий, ставший русским царём Василием III, просил сестру помочь ему занять польский трон. Он сулил польским и литовским боярам большие выгоды и свободы, но его избрание не случилось. Польским королём стал Сигизмунд I. Разногласия между двумя государствами получили новый толчок, появились и новые поводы для конфликтов.
Дальнейшую судьбу вдовствующей королевы, как это часто бывает, решили деньги. Благодаря подаркам мужа Елена Ивановна стала самой богатой женщиной княжества. Ей принадлежала едва ли не четверть территории современной Беларуси. Возвращение вдовы на родину с такими обширными земельными владениями польских магнатов, конечно же, не устраивало.
Новый король сослал вдову в Браславский замок, где она жила под неусыпной охраной. Все владения у неё отобрали, исчезло и огромное состояние. А в 1513 году Елена Ивановна неожиданно умерла. Сразу же поползли отнюдь не беспочвенные слухи о том, что её отравили. Похоронили русскую королеву Литвы и Польши в Вильнюсе в кафедральном соборе Виленской и Литовской епархии Русской православной церкви.