Значительная часть русин обнаружила высокую сопротивляемость основных культурных генов к насильственным изменениям. Они нашли союзников в лице еще одного своеобразного субэтноса – запорожских казаков. Сохранившиеся в нижнем поднепровье остатки степных тюркских народов постепенно ославянились за счет притока беглецов с севера. По степной традиции они образовали народ-войско, сохранив этноним казаки – вольные люди (тюрк.). Сформировался и свой центр – Запорожская Сечь. Особые условия существования под постоянной угрозой набегов с юга сформировали и своеобразную субкультуру. Запорожцы стойко отторгали отступничество от православия, не допускали на Сечь женщин, соблюдали своеобразный демократический институт управления – Гетманат. Центральная власть Речи Посполитой частично включила этот субэтнос в государственные структуры, создав Реестр служилых казаков. Реестровым казакам полагались определенные выплаты за определенные обязательства. Постоянные попытки урезать Реестр и сократить выплаты создавали почву для недовольства в среде казаков. Способствовало этому и притеснение православия, и экономический гнет руського в массе крестьянства.
В 1648 году из «искры возгорелось пламя». Реестровый полковник Богдан Хмельницкий подвергся вопиющему нарушению его феодальных прав со стороны соседа Данило Чаплинского. Сосед разорил его поместье, похитил его «гражданскую жену» Елену и обвенчался с ней по католическому обряду. Уж не соседская ли зависть к обладателю не столь богатого хутора, сколь красивой наложницы, тут вмешалась в Историю. В пользу такой версии говорит возвращение впоследствии Хмельницким Елены и женитьба на ней. Не получив справедливого разрешения конфликта в королевских судах, Хмельницкий отправился в Сечь за поддержкой. Семена недовольства упали на хорошо подготовленную почву. Казаки избирают его гетманом и начинают мятеж. Отголоски этого сюжета прослеживаются в повести Н.В. Гоголя «Тарас Бульба».
Восставшим удалось установить контроль над Киевом, Черниговом, Брацлавом и значительной частью прилегающих территорий. Большую помощь в этом им оказывал заключенный Хмельницким союз с Крымским ханом. На волне военных успехов Хмельницкий заключает с королем Яном Казимиром Зборовский договор, основные статьи которого содержали следующие положения: