Бамберг был в числе первых городов Германии, где возникла типография. В 1460 году епископский секретарь Альбрехт Пфистер издал первую иллюстрированную книгу, а с 1461 года начал печатать первые книги на немецком языке.
Период Позднего Средневековья и Раннего Нового времени был трудным временем для Бамберга: конфликты между епископом и горожанами, католиками и протестантами, Крестьянская, маркграфская и Тридцатилетняя войны, чума и «охота на ведьм» разрушали благосостояние города.
Во время Крестьянской войны в Германии 11 апреля 1525 года горожане восстали против епископа Вейганда Редвица, боровшегося против протестантской Реформации. Повстанцы заняли Бамберг и осадили крепость Альтенбург, в которой укрылся епископ. После того, как он отверг требования горожан о самоуправлении, ликвидации Соборного капитула и свободной проповеди Евангелия, горожане разграбили поместья духовных лиц и монастыри. Осада Альтенбурга была снята армией Швабского союза, пришедшей на помощь епископу, 12 предводителей восстания были казнены, но в итоге в политической и религиозной жизни Бамберга ничего не изменилось.
Во время «Второй маркграфской войны» 1552—1554 гг. прозванный «диким маркграфом» Альбрехт II Альцибиадес («Алкивиад») фон Бранденбург-Кульмбах в 1553 году захватил Бамберг, разграбил и сильно разрушил крепость Альтенбург и поместья каноников. Убытки от его нашествия оценивались в сумму свыше 80 тысяч гульденов.
Епископство Бамберг было одним из основных центров «охоты на ведьм» в Германии в Раннее Новое время. Хотя сжигание ведьм в Бамберге практиковалось с конца XVI века, особый размах охота на ведьм получила во время правления епископа Иоганна Георга II Фукса фон Дорнхайма с 1626 до 1631 года. В уничтожении ведьм и колдунов ему особенно помогали поселившиеся в Бамберге капуцины и приглашённые его предшественником Иоганном Готтфридом фон Ашхаузеном в 1610 году иезуиты. Данные о числе казнённых весьма противоречивы: от 300 до 600 человек. По достоверным же источникам, жертвой охоты на ведьм тогда в Бамберге стали 236 человек, в т. ч. 5 бургомистров, несколько придворных служащих и епископский канцлер.
«Охота на ведьм» прекратилась только после вступления в Бамберг шведов 11 февраля 1632 года в ходе «Тридцатилетней войны» 1618—1648 гг. Тогда епископ Фукс фон Дорнхайм сбежал от шведов в Каринтию, а слабо вооруженный город был разграблен войсками шведского короля Густава II Адольфа. В последующие годы Бамберг многократно захватывался шведами и освобождался войсками Католической лиги. В целом, из-за тягот войны, грабежей, расквартирований и постоев, контрибуций и эпидемий население Бамберга сократилось почти на половину: с 12 тысяч до 6 900 человек, а многие из поврежденных зданий и домов оставались неиспользованными.