Только в XVIII веке при епископах Лотаре Франце (1693—1729) и Фридрихе Карле фон Шёнборне (1729—1745) город пережил экономический и культурный расцвет. Тогда в Бамберге быстрыми темпами развивались торговля, ремесло и мануфактура, тогда же в городе наступил строительный бум, весь город тогда строился и приспосабливался к новому стилю барокко.
В ходе «Семилетней войны» 1756—1763 гг. нейтральный Бамберг три раза занимался прусскими войсками: 31 мая 1758 года, 15—16 мая 1759 года и 20 ноября 1762 года. Оккупация города сопровождалась грабежами и наложением на него непомерных контрибуций. В итоге к концу войны епископство заплатило пруссакам 1 млн. гульденов контрибуций, для чего вынуждено было продать свои владения в Каринтии. После войны город очень медленно восстанавливался от её последствий.
В эпоху Революционных войн Франции в 1796 году Бамберг был занят французами и разграблен. Поблизости от города тогда произошло несколько столкновений между французскими и австрийскими войсками.
После Люневильского мира 9 февраля 1801 года между Францией и Австрией, завершившего «Войну второй антифранцузской коалиции», 24 мая 1802 года Бавария и Франция в Париже заключили отдельный мир, по которому город и епископство-княжество Бамберг отходили Курфюршеству Бавария в качестве компенсации за потерю ею областей слева от Рейна (Баварский Пфальц). 2 сентября 1802 года баварские войска заняли территорию епископства, а 6 ноября заняли город. 29 ноября Бавария объявила область своей провинцией и назначила в Бамберг своего генерального комиссара, а архиепископ Кристоф Франц фон Бусек освободил своих служащих и граждан от клятвы верности. Так закончилось продолжавшееся 800 лет господство епископов над городом Бамберг. В 1803 году в соответствии с «Заключительным постановлением имперской депутации» в Священной Римской империи была проведена секуляризация епископств и аббатств, и Бамберг на вполне законных основаниях перешёл Баварии, после чего в нём была проведена секуляризация церковных земель и имущества в пользу государства.
1 апреля 1818 года на основании конкордата с Баварией Римский Папа Пий VII возвёл епископство Бамберг в архиепископство с подчинением ему епископств вюрцбургского, эйхштадтского и шпейерского. Сам город Бамберг стал его столицей.