Само же название «Munichen» происходит, видимо, от древневерхненемецкой формы слова «монах» («munich»). По легенде, не подтверждёнными никакими археологическими находками, здесь на холме Петерсберг (Petersbergl) с VIII века жили монахи одного их расположенного неподалёку монастыря.
Благодаря Генриху Льву в 1175 году вокруг Мюнхена были сооружены крепостные стены и тогда же ему был присвоен статус города. После того, как в 1180 году Фридрих Барбаросса лишил Генриха Льва большинства его владений, хозяином Мюнхена стал епископ Фрайзинга, однако право чеканки монеты в Мюнхене перешло к ставшему герцогом Баварии Отто фон Виттельсбаху, что привело в дальнейшем к конфликтам с епископством. В 1214 году впервые документально упоминается городское право (Das Stadtrecht) Мюнхена, а в 1239 году – городской парламент.
В 1240 году Мюнхен перешёл из рук епископа Фрайзинга к Оттону II Виттельсбаху, а в 1255 году после раздела герцогства между братьями Генрихом XIII и Людвигом II Строгим Мюнхен стал столицей герцогства Верхняя Бавария, отошедшего Людвигу II. В 1280 году благодаря королю Рудольфу фон Габсбургу Мюнхен получил значительную свободу торговли. С 1286 года в документах упоминается Совет города, являвшийся исполнительным органом городского парламента.
Ставший в 1314 году королём, а в 1328 году императором Людвиг IV Баварский сделал город своей резиденцией. Мюнхен стал таким образом столицей империи, в которой работало также имперское правительство. Людвиг IV всячески способствовал развитию Мюнхена, в частности, в 1332 году он предоставил ему монопольное положение в южно-немецкой торговле солью, способствуя таким образом росту городских доходов.
В этот период в Мюнхене сложилась патрицианская форма управления, при которой в городском Совете были представлены, прежде всего, могущественные мюнхенские семейства из высших слоёв городского бюргерства, представителей купеческой знати и чиновников городского управления.
В 1340 император даровал Мюнхену «Великое городское право» («Große Stadtrecht») и различные широкие привилегии.
После вымирания нижнебаварской линии Виттельсбахов Людвиг IV в декабре 1340 года объединил герцогства Нижняя и Верхняя Бавария, вследствие чего Мюнхен стал столицей объединённого герцогства.
После смерти в 1347 году Людвига IV его владения были разделены между 6 его сыновьями, и Мюнхен в 1349 году достался его сыну Людвигу V. После его смерти в 1361 году Мюнхен перешёл его сыну Мейнхарду III, а после его смерти через два года – его дяде Стефану II. Со смертью последнего в 1375 году власть над городом поочерёдно осуществлялась его сыновьями Стефаном III, Иоганном, Фридрихом и Оттоном.