История Мюнхена в Позднее Средневековье была наполнена восстаниями горожан против патрициев и Виттельсбахов (в 1295, 1385, 1397—1402, 1498 гг.), еврейскими погромами (в 1285 и 1442 гг.), разрушительными общегородскими пожарами (в 1221, 1327, 1429 и 1460 гг.) и эпидемиями чумы (в 1349 и 1517 гг.).
Население города в этот период росло незначительными темпами. Если в 1369 году в Мюнхене жило 10 тысяч человек, то в 1504 он насчитывал примерно 13 500 жителей.
После «Войны за Ландсхутское наследство " 1503—1505 между Баварско-Мюнхенским и Баварско-Ландсхутским герцогствами Бавария оказалась объединена под властью герцога Баварии-Мюнхена Альбрехта IV Мудрого, а Мюнхен стал столицей объединённого Герцогства Бавария.
В XVI веке Мюнхен превратился в один из центров борьбы с протестантской Реформацией. С 1522 по 1531 год герцог Вильгельм IV принял ряд указов против лютеранского учения, в результате чего мюнхенские протестанты подверглись преследованиям и многие были вынуждены покинуть город. Еще решительнее герцог боролся против кальвинистов, основавших в 1527 году общину в Мюнхене. В том же году в городе дошло до первых смертных казней протестантов. Преемник Вильгельма IV Альбрехт V Великодушный в 1555 году запретил протестантство совсем. При нём Мюнхен стал центром Контрреформации. Приглашённый ещё в 1541 году его отцом Вильгельмом IV в Баварию верный Ватикану Орден иезуитов, в 1559 году обосновался в Мюнхене и впоследствии иезуиты стали играть весьма важную роль в жизни Мюнхена.
В 1609 году в Мюнхене была основана Католическая лига. Во время «Тридцатилетней войны» 1618—1648 гг. за участие в ней на стороне императора лидер «Католической лиги» баварский герцог Максимилиан I в 1623 году получил от него титул курфюрста, и Мюнхен таким образом поднялся до статуса столицы курфюршества.
Во время войны в 1632 году Мюнхен был захвачен войсками шведского короля Густава II Адольфа. После сокрушительного поражения шведских войск в «Битве у Нёрдлингена» 6 сентября 1634 года шведы вынуждены были оставить Мюнхен. Когда вслед за тем в Мюнхен вошли испанские войска, город охватила эпидемия бубонной чумы, от которой в 1634—1635 гг. его население сократилось с 22 до 9 тысяч жителей.
6 октября 1648 года между пригородом Мюнхена Аллахом и г. Дахау состоялось последнее сражение той войны. Тогда баварско-австрийские войска под командованием Иоганна фон Верта разгромили шведско-французскую армию Карла-Густава Врангеля.