Развитие сословного устройства, при котором духовные и светские князья и города вели себя довольно самостоятельно, привело в XIV—XV вв. к серьёзному ослаблению государственности в Баварии. Её укрепление произошло при Альбрехте IV Мудром. В 1506 году он объединил баварские сословия в одно сословное собрание и добился от них признания неделимости государства и правила престолонаследия по первородству.
В эпоху Реформации XVI века Бавария осталась верна католицизму, её не затронула ни Крестьянская война в Германии в 1524—1525 гг,, ни «Шмалькальденская война» 1546—1547 гг. между императором Карлом V и протестантами. В 1541 году герцог Вильгельм IV призвал в Баварию верный Ватикану Орден иезуитов, а во второй половине века при Альбрехте V Великодушным, а затем Вильгельме V Благочестивом, Бавария превратилась в оплот Контрреформации.
В «Тридцатилетнюю войну» 1618—1648 гг. Бавария вступила на стороне Габсбургов, за что в 1623 году лидер «Католической лиги» герцог Максимилиан I получил от императора титул курфюрста, а в 1628 году – Верхний Пфальц. В начале 30-х годов Бавария пережила разорение в результате нашествия войск Антигабсбургской коалиции во главе со шведским королём Густавом II Адольфом.
Как и во многих других европейских странах, в XVII веке в Баварии сложилась абсолютная монархия, а баварский ландтаг перестал собираться с 1669 года. Во время «Войны за испанское наследство» 1701—1714 гг. Бавария участвовала на стороне Франции и Испании, но была разбита 13 августа 1704 года войсками Джона Черчилля герцога Мальборо и принца Евгения Савойского в Гохштедтском сражении, после чего вышла из войны и была до 1714 года оккупирована Австрией. В период «Войны за австрийское наследство» 1740—1748 гг. участвовавший в ней на стороне Франции, Испании, Пруссии курфюрст Карл VII Альбрехт завоевал Верхнюю Австрию, стал королём Чехии и императором Священной Римской империи, но сама Бавария затем была занята австрийцами и оставалась оккупированной до заключения сепаратного мира в 1745 году.
После прекращения в 1777 году династии баварских Виттельсбахов из-за притязаний Австрии разразилась «Война за баварское наследство», закончившаяся в 1779 году переходом Баварии под власть пфальцской линии Виттельсбахов.
После Великой Французской революции конца XVIII века Бавария сначала приняла участие в войнах против Франции. Однако в 1792 году французские войска заняли Пфальц, а в 1795 году вторглись в Баварию и вынудили в 1796 году подписать перемирие. Через пять лет Бавария опять вступила в войну с Францией на стороне Австрии, была разбита и по Люневильскому миру 4 февраля 1801 года потеряла Пфальц и герцогства Цвайбрюккен и Юлих. После этого до 1813 года Бавария была союзницей наполеоновской Франции. В 1803 году в качестве компенсации за потерянные территории Бавария получила епископства Аугсбург, Бамберг, Вюрцбург, Фрейзинг, частично Айхштетт и Пассау. По Пресбургскому миру 26 декабря 1805 года между Францией и Австрией Бавария получила Тироль, Форарльберг, правобережье Инна, маркграфство Бургау, княжество Айхштет, маркграфство Ансбах, Линдау и Пассау.