Благодаря Наполеону, 1 января 1806 года Бавария превратилась в королевство, а герцог Максимилиан IV Йозеф стал королём Максимилианом I. В том же году Бавария вышла из состава Священной Римской империи и вошла в созданный под протекторатом Наполеона «Рейнский союз». Тогда же Наполеон присоединил к Баварии имперский город Нюрнберг, а в 1809 году за участие в войне с Австрией – княжество Регенсбург, маркграфства Байройт, Зальцбург, Берхтесгаден. При этом, однако, Бавария потеряла Южный Тироль и Ульм.
На участие в походе Наполеона на Россию в 1812 году Бавария выставила контингент в 30 тысяч человек, которые почти все погибли. В октябре 1813 года Бавария перешла на сторону Антинаполеоновской коалиции и в её составе участвовала в походах против Франции в 1814—1815 гг. В 1815 году в соответствии с решением Венского конгресса стран-победительниц Бавария вернула себе Рейнский Пфальц, но вынуждена была возвратить Австрии Тироль, Зальцбург и Форарльберг.
В 1818 году взамен конституции 1808 года Бавария получила новую, более демократичную, а также двухпалатный парламент. Ставший в 1825 году королём Людвиг I прославился как покровитель наук и искусств, при нём Мюнхен стал культурной столицей Германии, но при нём же в стране усилилась внутриполитическая реакция и гонения на либералов. Когда началась «Мартовская революция» 1848 года он отрёкся от престола в пользу своего сына Максимилиана II, который согласился на проведение ряда демократических реформ, серьёзно ограничивших королевскую власть.
Замок Хоэншвангау в Баварии, 1837 г.2
Во время правления Людвига II (1864—1886) Бавария принимала участие в Австро-прусской войне 1866 года на стороне Австрии, а затем во Франко-прусской войне 1870—1871 гг. на стороне Пруссии. После войны Бавария вошла в созданную под эгидой Пруссии объединённую Германскую империю. Это благоприятно сказалось на экономическом развитии Баварии, хотя в промышленном отношении она серьёзно отставала от центральных и западных районов Германии.
После гибели 13 июня 1886 года в водах Штарнбергского озера строителя замков, «сказочного короля» Людвига II номинальным королём до 1913 года был его душевнобольной брат Отто, а реальным правителем Баварии стал его дядя принц-регент Луитпольд. В 1912 году его сменил его сын Людвиг III, ставший последним представителем династии Виттельсбахов на баварском троне. После начала Ноябрьской революции в Германии 8 ноября 1918 года социал-демократы провозгласили Баварию республикой, а 13 ноября Людвиг III отрёкся от престола.