Шеллинг был гениальной, разносторонней, богатой идеями, художественно одарённой и понимающей искусство натурой, полной восприимчивости к внешним впечатлениям и чужим мыслям, обладал богатым воображением и поэтическим восприятием, был чрезвычайно подвижен в обработке и переосмыслении всего, что к нему приходило, так что он не создал чёткой системы, как Гегель, а постоянно двигался вперёд в философском творчестве, сменяя одну форму своих убеждений другой, в этом отношении подобно Платону, так что можно выделить четыре, пять или даже больше периодов его философствования. В его работах много мистического и неясного, в них господствует воображение, а не строгое логическое мышление; частично они написаны блистательно. Он глубоко и с достоинством осознавал свою значимость. Некоторые из его современников смотрели на него как на высшее существо, другие же видели в нём «воплощение самого зла».
В своей магистерской диссертации «Antiquissimi de prima malorum origine philosophematis explicandi tentamen criticum» (1792) он дал аллегорическое толкование библейскому рассказу о грехопадении, следуя идеям Гердера. В том же духе была написана работа, опубликованная в 1793 году в «Memorabilien» Паулюса (часть V, стр. 1—65): «О мифах, исторических сказаниях и философемах древнейшего мира». К новозаветной критике и древнейшей церковной истории относится его работа «De Marcione Paulinarum epistolarum emendatore» (1795). Однако интерес Шеллинга всё больше обращался к философии. Он изучал «Критику чистого разума» Канта, «Элементарную философию» Рейнгольда, «Новую теорию мышления» Маймона, «Энезидем» Г. Э. Шульце и рецензию Фихте на эту работу, а также его сочинение «О понятии наукоучения», и в 1794 году написал (опубликованную в Тюбингене в 1795 году) работу «О возможности формы философии вообще», в которой излагал по сути фихтевские идеи, стремясь показать, что ни материальный принцип (как принцип сознания Рейнгольда), ни чисто формальный (как принцип тождества) не подходят в качестве основы философии; этот принцип должен заключаться в «Я», в котором полагание и положенное совпадают. В утверждении «Я» форма и содержание обусловливают друг друга.
В «Философских письмах о догматизме и критицизме», опубликованных в «Философском журнале» Нитхаммера в 1796 году (перепечатано в «Философских сочинениях», Ландсхут, 1809), Шеллинг выступает против кантианцев, которых он застаёт в процессе того, чтобы «из трофеев критицизма возвести новую систему догматизма, на место которой, пожалуй, всякий искренний мыслитель пожелал бы возвращения старого здания». Шеллинг стремится доказать, особенно в отношении морального доказательства бытия Бога, что критицизм в том смысле, в каком его понимает большинство кантианцев, представляет собой лишь противоречивую смесь догматизма и критицизма; правильно же понятая, «Критика чистого разума» как раз и предназначена для того, чтобы вывести из самой сущности разума возможность двух противоположных систем, которые обе снимают противоречие между субъектом и объектом путём редукции одного к другому, а именно – идеализма и реализма.