Дело в том, что на первых порах применялись материалы, не прошедшие проверки на предмет устойчивости к коррозии в условиях радиации. Поэтому происходившие в реакторе процессы вызывали ускоренную коррозию используемых материалов. Например, сейчас алюминиевые оболочки «блочков» и ТВЭЛов анодируют для повышения их коррозионной устойчивости. На первых порах этого не делали, что приводило к ускоренному разрушению оболочек и спеканию «блочков» с массой графита, составлявшей основную часть реактора. Разрушение алюминиевых труб в «активной зоне» реактора и оболочек урановых «блочков» приводило к появлению радиоактивности в воде, охлаждающей «активную зону» реактора. Кроме того, что загрязненная радионуклидами вода сбрасывалась в окружающую среду, она ещё попадала на графит, служащий замедлителем нейтронов в «активной зоне» реактора. В результате цепная реакция в реакторе прекращалась. Жизненно важный для государства процесс наработки плутония останавливался. Приходилось сушить графит, заменять разрушившиеся каналы, перегружать урановые «блочки». На все эти работы уходило много времени, а персонал при их выполнении получал очень высокие дозы облучения.
Как правило, спекание оболочек урановых «блочков» с графитом приводило к прекращению подачи охлаждающей воды. Охлаждение реактора прекращалось, часть «активной зоны» расплавлялась и стержни застревали в толще графита.
Такая авария произошла в первый же день работы «реактора А» на проектной мощности. Случилось это 19 июня 1948 г., когда на площадке влагосигнализации начальником дозиметрической лаборатории была зарегистрирована повышенная радиоактивность воздуха – превышение составило более 300 «доз». Как выяснилось, в одном из каналов реактора прекратился приток охлаждающей воды и произошло частичное расплавление «активной зоны». Реактор был остановлен и до 30 июня производились работы по очистке каналов от сплавленных частей графита, урана и алюминиевых оболочек (Круглов, 1994).
Менее чем через месяц авария повторилась – следующее частичное расплавление «активной зоны» произошло 25 июля 1948 г. Для ремонта требовалось остановить реактор и прекратить наработку плутония. Руководители проекта сочли такое промедление недопустимым и было принято решение о прочистке каналов в активной зоне реактора без его остановки. Сейчас даже представить трудно, что люди вручную прочищали каналы работающего реактора. Разумеется, это привело к сильному загрязнению помещений и переоблучению персонала. Во время ремонтно-восстановительных работ режущий инструмент охлаждался водой. Кроме того, вода использовалась для снижения выбросов в центральный зал реактора радиоактивных аэрозолей и пыли из прочищаемых ячеек. Это усилило коррозию элементов активной зоны и в конце 1948 г. началась массовая протечка труб, что вызвало намокание графита. Работать в таких условиях реактор не мог и 20 января 1949 г. он был остановлен для капитального ремонта (Круглов, 1994).