Репрессивный аппарат заработал без промедления. Во исполнение сталинского приказа нарком юстиции СССР и прокурор СССР 31 июля 1942 г. издали директиву № 1096, в которой содержалась квалификация действий командиров, комиссаров и политработников, привлечённых к суду за, как говорилось в документе, «самовольное отступление с боевой позиции без приказа вышестоящих командиров и за пропаганду дальнейшего отступления частей Красной армии», а также определялись сроки расследования этой категории дел.
Действия, заключавшиеся в самовольном отступлении без приказа, квалифицировались по ст. 58–1 «б» УК РСФСР (измена Родине, совершённая военнослужащим, каралась высшей мерой уголовного наказания – расстрелом, с конфискацией всего имущества). Расследование по этим делам не могло превышать 48 часов. Пропаганда дальнейшего отступления квалифицировалась по ст. 58–10, ч. 2 УК (контрреволюционная пропаганда и агитация при наличии отягчающего обстоятельства – военной обстановки или военного положения – каралась расстрелом).
Военным прокурорам и председателям трибуналов предписывалось принять «решительные меры к оказанию командованию и политорганам реальной помощи к выполнению задач, поставленных в приказе народного комиссара обороны».
Приказ НКО СССР № 227 зачитывался во всех ротах, эскадронах, батареях, эскадрильях, командах, штабах. С его содержанием в Красной армии были знакомы без преувеличения все, и никто не мог сослаться на собственное неведение.
Об этом позаботились в первую очередь политические органы. Уже на следующий день начальник ГлавПУ Красной армии генерал-лейтенант А. С. Щербаков обязал начальников политуправлений фронтов, военных округов, начальников политотделов армий лично проследить за тем, чтобы приказ наркома был немедленно зачитан и разъяснён всему личному составу. «Не должно быть ни одного военнослужащего, который не знал бы приказа товарища Сталина», – подчёркивалось в директиве начальника Главного политуправления. Все политорганы должны были дважды в день информировать ГлавПУ не только о ходе разъяснения приказа, но и о его выполнении.
Практические действия, предпринимаемые на местах, отслеживались Москвой пунктуально. 15 августа А. С. Щербаков направил военным советам и начальникам политуправлений фронтов, округов, армий новую директиву, в которой вскрыл непонимание некоторыми из них политического значения приказа № 227. Он особо обратил внимание подчинённых на то, что «приказ товарища Сталина является основным военно-политическим документом, определяющим боевые задачи всей Красной армии и содержание партийно-политической работы на ближайший период войны».