Первые признаки серьезного заболевания появились в ноябре 1792 года, когда он пожаловался на головные боли, головокружение, шум в ушах, временную слепоту, кроме этого, его правая рука онемела и плохо двигалась. Способность видеть относительно быстро восстановилась, все реже стали мучить головокружения и нарушения координации движений, а правая рука еще долгое время оставалась недееспособной. В письме от 29 марта 1793 года С. Мартинес описывает Мартину Сапатеру состояние Гойи: «Шум в голове и его глухота не уменьшились, но его зрение стало лучше, и он не чувствует себя таким слабым и опустошенным, как ранее. Он уже способен подняться и спуститься по лестнице, и, наконец, он вновь начал заниматься тем, что любил делать до болезни» (Canellas 1991). Но слух безвозвратно исчез, и Гойя до конца жизни оставался глухим.
Этот зловещий кризис, произошедший с художником в возрасте 46 лет, наложил свой отпечаток на образы его произведений. В палитре стали преобладать нейтральные тона: коричневый, серый и черный, которые как будто освещались яркими цветовыми пятнами. Специалисты также указывали на то, что Гойя применил новую технику написания кистью: линии стали короткими и неряшливыми, нервными. В этот период Гойя создал первую серию графических эскизов, насчитывающих 80 металлических пластин, Caprichos («Причуды»), которые бессвязны и нелогичны, как сны или галлюцинации.
В годы гражданской войны Гойя, как и многие его друзья и сограждане, стал «пленником, который запутался в сети противоречий и внутренних конфликтов». Начиная с 1810 года появилось в общей сложности 82 гравюры из серии «Ужасы войны», которые не были опубликованы при жизни.
Он и его семья пережили ужасный 1811-й голодный год в Мадриде, его жена Хосефа умерла в июне 1812 года, и 66-летний глухой старик остался один в своем доме.
Последние годы жизни художник провел в Париже (с 1824 года). Все меньше и меньше он посвящал времени творчеству.
Весной 1825 года Гойя вновь тяжело заболел. На этот раз врач установил диагноз «паралич мочевого пузыря» (?). Однако в этот момент художник все же не переставал творить. Он наносил краски пальцами или кусочками сукна, использовал жидкие краски, которые втирал в полотно.
В медицинском заключении от 29 мая 1825 года, подписанном врачами Лафаргом и Л’Оливейрой, описываются некие «опасные» изменения зрения и общего состояния пациента, которые трактуются как тяжелые и даже жизнеугрожающие (Canellas 1991). 20 декабря 1825 года Гойя признался другу: «Мое зрение, моя рука, мои кисти и все, что я умел и люблю, даже моя сила воли, подводят меня» (Canellas 1991).