Надо полагать, что государственных забот у Годунова было выше головы, однако он и за ними не забывал о сосланных в Углич Нагих и царевиче, потому что в скором времени туда был послан дьяк Михаил Битяговский с наказом ограничить их права и деятельность. Дьяк взял под свой контроль все сферы их жизни, в том числе и учет доходов, поступавших в угличскую казну.
При Битяговском и произошла трагедия. 15 мая 1591 года восьмилетний царевич Дмитрий оказался зарезанным средь бела дня возле своего терема. Через четыре дня из Москвы прибыла правительственная комиссия в составе князя Василия Шуйского, крутицкого митрополита Геласия, окольничего Андрея Клешни-на и дьяка Елизара Вылузгина. Было произведено расследование случившегося и составлено так называемое следственное дело, которое дошло до нас и является объектом постоянного внимания историков. Согласно этому делу, царевич умер от раны в горле, которую во время эпилептического припадка нанес себе при игре в «тычку».
Однако широкое хождение в народе получила версия о насильственной смерти Дмитрия. Ее распространяли дядья царевича, Михаил и Григорий Нагие, назвав при этом даже убийц, якобы подосланных Годуновым. Ими были, по словам Нагих, дьяк Битяговский, его сын Данила, племянник дьяка Никита Качалов и сын мамки Дмитрия Осип Волохов.
Виноваты ли в преступлении названные – не выяснено. Возможно, Нагие из мести оговорили ненавистного Битяговского (от которого приняли много притеснений и унижений), а заодно его сына Данилу и племянника. Осип же Волохов попал под руку. Однако в тот день, 15 мая 1591 года, все четверо поплатились жизнями. Когда к месту происшествия сбежался народ, царица Мария и ее братья показали на Битяговских, Качалова, Волохова как на убийц, и те были тут же растерзаны толпой.
Современники царя Федора свидетельствуют, что, получив известие о смерти брата в Угличе, царь вначале сильно горевал, но некоторое время спустя в его поведении произошли резкие перемены. Он не только перестал убиваться по брату, но и до конца своих дней не поставил за упокой Дмитрия ни одной свечки, чего, по своей редчайшей богомольности, никогда бы не сделал, если бы был уверен, что брата нет в живых.
Следственная комиссия допросила почти полторы сотни свидетелей и составила так называемый «Обыск», то есть следственное дело. Оно долгое время пылилось в архиве, но в конце концов попало на глаза исследователям, и его изучение дало немало пищи для размышлений. Выяснилось, что в нем не хватает весьма важных документов: показаний Марии Нагой, свидетельств о смерти царевича и протокола осмотра его тела. Почему?