До недавнего времени считалось, что в опекунский совет входил и Борис Годунов (некоторые историки называли его даже главой совета), но ленинградский профессор Руслан Скрынников, крупнейший современный специалист по Смутному времени, разбирая источники, доказал, что на этот счет историки ошибались: опекунов было четверо.
Годунов и без того обладал большой властью, поскольку был шурином Федора, сумев выдать за него замуж свою сестру Ирину. Своим положением Годунов распоряжался умело и оказался причастным к самой натуральной высылке вдовствующей царицы Марии Нагой с сыном в Углич. Этот город Иван Грозный пожаловал царевичу Дмитрию в удел, но до поры до времени мать и сын жили в царском дворце Кремля. Годунов не желал мириться с присутствием Нагих. Болезненный Федор мог неожиданно умереть, трон будет свободен, и Годунов с большой вероятностью сможет занять его.
За неделю до коронации Федора Годунов уговорил его удалить царевича в Углич вместе со всеми Нагими. И хотя при этом соблюдали правила приличия, никто не сомневался в истинном смысле происходящего – то была ссылка.
31 мая 1584 года Федор был коронован. И сразу возвел Годунова в чин конюшего. От века это звание давали представителям только самых знатнейших фамилий, но Федор отошел от традиции – ввел своего шурина в круг управления государством.
Как же воспользовался Годунов своими высокими полномочиями? Хитроумнейшими интригами, иногда сам оказываясь на краю пропасти, он поначалу отстранил от участия в опекунском совете Богдана Бельского, отправив его в ссылку, затем постригли в монахи Ивана Мстиславского, а в конце апреля 1586 года умер престарелый Никита Романов. Из всей четверки опекунов оставался один Иван Шуйский, но вскоре настал и его черед: обвиненный вместе с братьями в заговоре против Годунова, он был сослан в Кинешму.
Таким образом, хотя на троне сидел царь Федор, государством фактически управлял Годунов. В его руках оказались все важнейшие правительственные должности. Забегая вперед, скажем, что в 1595 году, то есть еще при жизни Федора, Борис официально носил титул, который звучал напыщенно даже в условиях того времени, когда пышность в речах, как и в одеждах, не считалась признаком дурного тона: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин, и дворовый воевода, и содержатель великих государств – царства Казанского и Астраханского».