С приходом христианства в Европу отношение к ведовству и его практикам начало существенно меняться. Первоначально христианские лидеры считали магию и ведовство просто глупыми предрассудками, которые следовало ликвидировать путём просвещения народа. Однако довольно скоро ведовство стали воспринимать как угрозу ортодоксальной церкви, объясняя связь магических практик с демонологией и деятельностью дьявола. Европейская средневековая мысль официально утвердила представления о ведьмах и ведунах как о людях, заключивших договор с дьяволом и действовавших посредством нечистой силы.
В раннем Средневековье (V-Х вв.), несмотря на распространение христианства, народное ведовство продолжало существовать и развиваться в самых разных формах. Магия была тесно вплетена в бытовую жизнь европейцев. Практиковались заговоры по защите дома, ритуалы на удачу и благополучие, амулеты и обереги для охраны от болезней и несчастий. В этот период официальные власти относительно терпимо относились к народной магии, воспринимая её скорее как элемент языческого прошлого, нежели как прямую угрозу христианской вере.
Однако примерно с XIII века подход церкви к ведовству становится явно более жёстким. Обвинения в еретических практиках, колдовстве и связи с дьяволом приобретают особое распространение в различных регионах Европы. Переломным моментом становится XIV-XV века, когда начинает усиливаться и активно пропагандироваться образ ведьмы-еретички, поклоняющейся сатане на ночных шабашах. В 1486 году выходит знаменитый трактат «Молот ведьм» («Malleus Maleficarum»), написанный инквизиторами Генрихом Крамером и Якобом Шпренгером. Он подробно описывает опасность ведьмовства, методы выявления, дознания и судопроизводства над ведьмами, создавая мрачный образ ведовства как зла, угрожающего обществу и христианству.
Многие традиционные практики, ранее воспринимаемые как безобидные или полезные, стали трактоваться как еретические и сатанинские. Например, знахарство, растительные снадобья и травничество, ранее считавшиеся вполне безвредными занятиями, стали частью обвинения в ведовстве и использовании чёрной магии. С этого периода начинается печально известная практика охоты на ведьм – судебные преследования, аресты, пытки и казни, особенно сильные в XVI-XVII столетиях.