В 90-е годы развитие капитализма и устремление Англии, Японии и США в Корею и Маньчжурию резко интенсифицировало экономическое и политическое освоение Дальнего Востока. Мысль о грандиозном сооружении сквозной железной дороги через всю Сибирь к портам Тихого океана увлекает императора в конце его царствования и ознаменовывается в 1891 г. путешествием в Японию юного наследника престола, Николая Александровича, обогнувшего морем с юга всю Азию, побывавшего в Китае и в Японии и вернувшегося через Владивосток и Сибирь сухим путем. Во Владивостоке царевич лично участвовал в закладке великого железнодорожного пути, постройка которого окончательно решена была в это время.
По возвращению цесаревича Николая был образован особой комитет по постройке сибирской железной дороге, председателем его стал наследник. Еще раньше императору пришлось учредить другой особый комитет, также под председательством цесаревича, для сбора пожертвований и оказания пособия голодающим, по случаю голода, начавшегося во многих губерниях Европейской России вследствие полного неурожая осенью 1891 г. Голод, охвативший огромное пространство самой плодородной полосы Европейской России, повторившийся, вместе с холерой, и в следующем 1892-1893 гг., был грозным предостережением, указывающим на глубокое расстройство хозяйства в России. Голод 1891-1983 гг. и постройка сибирской железной дороги, сопровождавшаяся крупным развитием переселенческого движения в Сибирь, были самыми крупными событиями последних лет царствования Александра III.
К времени правления Александра III стали обнажаться проблемы связанные с присоединившемся ранее Закавказьем: «Выходит, что грузины едва не молились на нас, когда грозила еще опасность от персов. Когда гроза стала проходить еще при Ермолове, уже появились признаки отчуждения. Потом, когда появился Шамиль, все опять притихло. Прошла и эта опасность, – грузины снова стали безумствовать, по мере того, как мы с ними благодушествовали, баловали их и приучали к щедрым милостям на счет казны и казенных имуществ. Эта система ухаживания за инородцами и довела до нынешнего состояния. Всякая попытка привести их к порядку возбуждает нелепые страсти и претензии1» – писал К. Победоносцев императору из Кисловодска 6 июня 1886 г. по поводу убийства студентом ректора семинарии, сетуя, что на судебном процессе «масса публики обнаруживала явно свое сочувствие преступнику, так что председателю приходилось ее сдерживать2», и попутно добавляя, «германское правительство внесло нынешней весной проект закона о дальнейшем ограничении публичности, а мы боимся сделать и первый шаг в этом направлении3»