Академия находилась на территории Александро-Невской лавры, занимая трехэтажное здание. На первом этаже находилась столовая, куда студенты приходили в часы обеда и чаепития. Здесь же были студенческая библиотека и приемная для гостей, а также находились кабинеты инспектора, двух его помощников и эконома.
На втором этаже располагались аудитории: две – около Академической церкви, рядом с ними был Актовый зал и Церковно-археологический музей; еще две аудитории находились на правой стороне здания (к Обводному каналу) и пятая – на левой стороне, к Лавре. Самая большая аудитория была третья. В ней обыкновенно проводились занятия для двух классов одновременно. Там же, на втором этаже, были студенческие спальни и читальня, куда поступало большое количество периодической духовной и светской литературы. При необходимости студенты имели возможность посещать городскую Публичную библиотеку.
На третьем этаже, в стороне, которая выходила окнами на Лавру, помещались комнаты для занятий студентов. Каждый из них имел свое определенное место за одним из двух больших общих столов, рассчитанных на шесть человек. Тут же стояли два платяных шкафа для одежды, две большие этажерки для книг, два дивана и стулья. В одной комнате занимались 12 человек, сидевшие за столами по списку, в алфавитном порядке.
В академическом саду, на некотором отдалении, в отдельном здании, размещалась академическая библиотека. В том же здании были квартиры ректора, секретаря Совета академии, библиотекаря и помощника библиотекаря.
В бытовом отношении студенты Духовной академии были обеспечены несравненно лучше студентов других учебных заведений, вынужденных скитаться по частным квартирам и углам, обедать, где придется, постоянно думать, где найти необходимые книги и иные учебные материалы, а порой и средства на оплату обучения. В Духовной академии у студентов все было под рукой: жилые комнаты светлые и большие, здоровое и разнообразное питание, достаточное количество одежды, громадная библиотека для занятий, сад для прогулок. Большую помощь оказывали Академии Преосвященные различных епархий, настоятели монастырей, частные жертвователи. При Академии действовало Общество поддержки студентов, оказывая необходимую денежную и другую помощь малообеспеченным студентам. Были постоянные жертвователи, поддерживавшие академическую библиотеку, насчитывавшую к 1888 г. порядка 85 тысяч экземпляров книг, брошюр, рукописей на различных языках, в том числе и древних. Много благотворителей и меценатов заботились о Церковно-археологическом музее академии, ежегодно направляя туда редкие иконы и книги, рукописи, картины, предметы церковного искусства.