Таким образом, все было сделано, чтобы студенты были сосредоточены на главном деле своей жизни – учебе!
Учебный процесс состоял из лекций по различным дисциплинам, самостоятельной работы, подготовки семестровых сочинений и ежегодных устных экзаменов. Сочинения особенно ценились и студентами, и преподавателями. Первые разрабатывали интересную им тему, учились находить, читать и конспектировать необходимую литературу по теме; постигали методы научной работы, расширяли свой богословский кругозор. Вторые по ним судили о подготовленности студента и его возможностях. Кроме того, оценки за сочинения давали двойной балл при общем годовом зачете.
В годы учебы в Академии Василия Беллавина среди студентов наметилась новая тенденция. Если до 1884 г., в течение двадцати лет, среди студентов не было ни одного монаха, то в год поступления Василия монашество принял Михаил Грибановский – человек чрезвычайно одаренный, пользовавшийся большим авторитетом сокурсников. После окончания Академии он был оставлен при ней в должности инспектора. Затем приняли монашество студенты третьего курса Н. Надеждин (впоследствии епископ Олонецкий Никанор), А. Храповицкий (будущий митрополит Киевский Антоний), И. Мещеряков (впоследствии митрополит Ставропольский Серафим). Так в Академии образовалось монашеское братство, объединявшее вокруг себя цвет академического студенчества.
В 1885 г. инспектором Академии был назначен архимандрит Антоний (Вадковский), позднее, в 1887 г., ставший ее ректором в сане епископа Выборгского. По окончании занятий, вечером, студенты собирались на квартире о. Антония или о. Михаила, обсуждали прочитанные книги, вопросы церковной жизни, строили планы своей будущей жизни. Особенно часто обсуждался вопрос о восстановлении в Российской церкви патриаршего управления. Постепенно сформировался кружок будущих иерархов из числа ученого монашества, проникнутых идей восстановления патриаршества.
1880-е гг. были временем подъема интереса студенчества к научным вопросам, к проповедничеству. С 1887 г. в Академии стали устраиваться так называемые богословские вечера, темы для которых составлял о. Михаил Грибановский. В них участвовали как преподаватели, так и студенты. Наиболее популярными были темы миссионерства, проповедничества и пастырства.