Решающая кровопролитная битва произошла 14 июля 1471 г. на р. Шелонь, где новгородское войско было разгромлено, вся боярская верхушка попала в плен. В руки Ивана попала грамота, подготовленная для Казимира, с точки зрения Московского князя она стала свидетельством измены новгородцев своему отечеству. За свою вину новгородцы должны были выплатить сумму в 16 тыс. рублей, четверо главных зачинщиков были публично казнены, остальных отправили в коломенскую тюрьму. Дальнейшее прикрепление Новгорода к Москве послужили внутренние раздоры, жители, недовольные на самоуправство посадника Ананьина, обратились с мольбами на него к Ивану III. В конце октября 1475 г. Иван выехал из Москвы в Новгород для разбора дела, а 26 октября в Городище состоялся княжеский суд. Подобная ситуация в корне меняло народное сознание, поскольку здесь на лицо происходило пренебрежение традицией, по которой должностных лиц судили только вече и совет господ. Произведя суд, Московский князь демонстрировал усиление своей власти, и то, что только князь способен защитить народ. Иван счел обвинения в сторону посадника и его сторонников правильными, арестовал их и отправил в Москву. Кроме того, взял с них штраф на сумму 1500 руб.
Несмотря на все, новгородцам понравился справедливый суд и теперь многие стали искать правду в Москве, а Иван III вызывать жителей Новгорода для суда в Москву, чего прежде никогда не было. Хитрая политика великого князя, настраивающая новгородцев на главенство Москвы, вызывало неудовольствие бояр, у них по-прежнему были сильны польские настроения.
В мае 1477 г. они подняли мятеж против великого князя и убили его сторонников. Новгородские события вновь заставили Ивана III отправиться с войском наводить порядок. 27 ноября московские полки, расположились на льду озера Ильмень. В ходе многодневных переговоров Иван III проявил твердость, – ни на какие уступки согласия не дал и объявил, что в Новгороде не будет ни вече, ни посадника, а вечевой колокол, древний символ «Господина Великого Новгорода» будет снят и отправлен в Москву. Однако Иван пошел на уступки, обещая новгородцам оставить ряд привилегий: право сношений с соседней Швецией. Обещал не выселять новгородских бояр из города и не привлекать новгородцев к московской службе.
Твердая позиция Ивана III совпала с изменой внутри Новгорода. Глава новгородской рати В.В. Шуйский перешел на сторону великого князя и теперь новгородцам ничего не оставалось, как принять условия Ивана III. 15 января князь И.Ю. Патрикеев с четырьмя московскими боярами получил от новгородцев грамоту с 58 печатями о том, что они обязываются верно служить Ивана III, и стал приводить новгородцев к крестному целованию, затем были поставлены новые наместники. Однако все эти действия не возымели должного результата, менее чем через два года наместники стали доносить, что сам владыка Феофил и некоторые знатные новгородцы ссылаются с Польским королем Казимиром и хотят восстановить прежние вольности. Ситуация осложнялась тем, что Польский король вошел в союзнические отношения с Золотой Ордой и планировал совместный поход на Москву, кроме того, политикой централизации стали недовольны его братья Андрей Большой и Борис Волоцкий они отправились в Псков для дальнейшего отъезда в Литву. Однако все эти события не остановили Ивана III. В октябре 1479 г. он с небольшим отрядом, якобы с миром, подошли к городу, но горожане отказались открыть ему ворота, тогда стало все очевидно. Вслед за ним подошло и основное войско. Только после того, как пушки стали обстреливать город, владыка города, новый посадник, тысяцкий и другие важные лица Новгорода вышли к Ивану. Заняв город, Иван начал методическую расправу. Архиепископ Феофил был сведен с кафедры и отправлен в Чудов монастырь в Московском Кремле, вместо него был поставлен старец Троице-Сергиева монастыря Сергий. Были выявлены и казнены 100 человек заговорщиков, другие 100 знатных семейств были разостланы по городам бывшего Московского княжества. В 1480 г. 50 наиболее богатых новгородских купцов были отправлены во Владимир, в 1482 г. более 7000 новгородцев были переведены в различные города, на их место приехали жители Москвы и других центральных городов. Политика переселения оказалась более эффективной, нежели аресты и казни.