Большое сопротивление по присоединению к Москве оказал некогда Новгородский город Вятка. В 1489 г. против вятичан выступило войско во главе с Даниилом Щеней и Григорий Морозовым. Город сдался, главные противники Москвы были повешены, остальных представителей знати с женами и имуществом разослали по разным центральным городам.
Рязанский князь Василий еще во времена Василия Темного был взят в Москву и там воспитан. В 1464 г. Ивана III отпустил его на родину, а, поскольку, он был женат на сестре великого князя, Анне, связь с ним не прерывалась. В 1483 г. князь Василий умер, оставив свои владения старшему сыну Ивану. Тот предпочел сразу заключить договор с великим князем, по которому значился младшим братом и имел права удельного князя, а после смерти Ивана Рязанского в 1500 г. его сын попал еще в большую зависимость от великого князя.
С Тверским князем Михаилом Борисовичем отношения складывались дружественные, пока была жива первая жена Ивана III Мария. С 1484 г. Михаил стал отдаляться в сторону Литвы и даже вступил в родственные отношения с Казимиром. Наконец, был заключен договор, по которому Тверской князь обязывался помогать своему новому родственнику и явно имел антимосковскую направленность. Это понял Иван III и он сразу направил свое войско в Тверскую землю. Казимир не пришел на помощь, и Михаилу пришлось признать главенство Москвы. Через некоторое время Тверской князь опять попытался сблизиться с Литвой и отправил к Казимиру гонца, но тот был перехвачен и доставлен в Москву. 8 сентября 1485 г. московское войско окружило Тверь. После того, как посады были сожжены, тверская знать в массовом порядке стала переходить на сторону Ивана III. Сам Михаил под покровом ночи бежал в Литву, а его владения перешли в собственность великого князя. В Твери он оставил наместником старшего сына Ивана.
Верейский князь Михаил Андреевич долго сохранял независимость. Он был союзником Ивана III и активно помогал ему в борьбе с ордынцами. Породнился с великим князем, женив своего сына Василия на племяннице второй жены Ивана III, Софье Палеолог. Через некоторое время между ними произошла семейная ссора (вероятно, не случайно) и Иван III обрушился на Верейского князя. Василий бежал в Литву, а его отец лишился своего удела.
В 1474 г. после смерти Юрия Дмитровского, Иван III без всякого совета с остальными братьями присоединил его владения к своим. В борьбе с ордынцами братья Ивана III Андрей Угличский и Борис Волоцкий, смогли выторговать у него некоторые территории за оказанную им помощь. После смерти младшего брата, Андрея Меньшого, великий князь по завещанию получил все его владения. Через некоторое время Иван III обновил договора со средними братьями, теперь они должны были поддерживать его во всем. В 1491 г. Иван III приказал братьям послать войска на помощь своему союзнику – Крымскому хану Менгли-Гирею. Андрей не подчинился. Тогда по приказу великого князя его схватили и бросили в тюрьму. В конце 1494 г. он умер в заточении. Борис Волоцкий умер своей смертью и передал удел сыну. Но тот уже никакой самостоятельной роли не играл.