Целых два года провел Франциск в условиях строжайшего аскетизма и лишений. Он построил для себя шалаш в окрестностях Ассизи, питаясь объедками, которые собирал на помойках по всему городу. Кроме повседневных молитв Франциск занимался нищенством, однако, к удивлению жителей города, он просил не деньги или еду, а камни, с помощью которых он восстанавливал древнюю полуразрушенную часовню. Когда работа по ее реставрации была завершена, Франциск начал ремонт другой заброшенной церковушки, потом еще одной и т. д. Несмотря на столь жалкое существование, Франциск всегда оставался бодр и весел, поскольку его воодушевляла сама мысль, что он служит Господу…
Но были в то время люди еще более беспомощные и обездоленные, чем самые последние нищие – это прокаженные, которые являлись изгоями в обществе. Люди их боялись и презирали, а поэтому прогоняли несчастных из мест общего проживания. В то время вереницы прокаженных, облаченных в темные балахоны с прорезями для глаз, бродили по селениям, предупреждая свое появление зажатым в руке колокольчиком. Люди издалека бросали им куски хлеба и другую еду и в страхе и отвращении убегали. Ужасный вид этих бедолаг, незаживающие зловонные язвы вызывали у каждого омерзение и ненависть. Сохранившиеся рукописные свидетельства рассказывают, как Франциск добровольно отправился в приют для прокаженных, ухаживая за ними и перевязывая их страшные раны, не боясь заразиться…
Многие горожане считали Франциска сумасшедшим, но после того как он восстановил несколько сельских храмов, а к его нищему житью присоединился еще один гражданин города, который раздал свое имущество бедным, к нему стали относиться иначе. Вскоре образовалась небольшая община сторонников Франциска, которые на вопросы тех, кто спрашивал, почему они так ведут себя, отвечали, что они «кающиеся грешники». Некоторые из них проводя время в молитвах, помогали Франциску восстанавливать храмы, другие участвовали в сельских работах наибеднейших крестьянских семей, но денег никогда не брали, довольствуясь скромной трапезой…
Франциск и его сторонники поначалу не считали себя монахами. Сам он относился к соратникам нежно, и по-детски называл их братцами. Их постоянным обетом была бедность, целомудрие и послушание.
Именно бедность с самого начала отличала францисканцев от других монашеских орденов.