Однако основание новой епархии было воспринято разными кругами эмиграции неоднозначно. Первый протест, адресованный Патриарху Тихону и Священному Синоду Русской Православной Церкви, заявил Владивостокский епископ Михаил, так как от его епархии отторгались приходы, составлявшие благочиннический округ{211}. Главным аргументом протеста послужило указание на то, что следствием отделения этих церквей станет ослабление материального положения Владивостокской епархии. Другой причиной, создававшей затруднения для учреждения в Харбине самостоятельной епархии, епископ Михаил считал малочисленность храмов полосы отчуждения. Поэтому свое согласие на создание новой епископской кафедры он выражал при условии, что это будет не самостоятельная епархия, а викариатство Владивостокской. Архиепископ Пекинский Иннокентий в свою очередь настаивал на подчинении всех приходов Маньчжурии ведению Русской Духовной Миссии в Пекине, обосновывая свое мнение необходимостью вернуться к тому положению, которое существовало до 1907 г. Оба протеста приняты не были, о чем состоялось определение Зарубежного Синода от 19 мая (1 июня) 1923 г.
Третий протест поступил от группы мирян, направивших архиепископу Мефодию анонимное послание{212} с изложением своих претензий. Авторы письма считали решение ВЦУЗ «неканоничным» и мотивировали свое мнение следующим: во-первых, архиепископ Мефодий был принят в Харбине как гость, для «временного» проживания; во-вторых, само учреждение новой епархии, к тому же не согласованное с Всероссийской Церковной Властью (ссылка на благословение Патриарха Тихона в указе ВЦУЗ названа «бездокументной»), не признавалось необходимым. В протесте также выражалось несогласие с назначением архиепископа Мефодия заграничной церковной властью (авторы письма придерживались положения о выборности епископата), высказывались упреки о якобы имевших место увольнениях любимых харбинцами священников и замене их сторонниками главы новой епархии, выражалось недовольство открытием новых приходов, а также указывалось на затруднительное финансовое положение КВЖД, на которую ложилась обязанность содержания архиерея и епархиальных учреждений{213}. Еще одно возражение против основания Харбинской епархии было высказано в 1930 г. бывшим секретарем русского посольства в Пекине В. В. Граве, который доказывал, что с точки зрения китайского законодательства епархия явилась незаконным учреждением: по китайским законам в стране имели право на существование лишь институты духовных миссий, а также церкви при посольствах и консульствах. По мнению Граве, легальный статус Харбинской епархии поддерживался исключительно «любезным отношением местных властей»