В духе растущего интереса к религиозной проблематике написаны «Исследования о сущности человеческой свободы и связанных с нею предметах» (1809), где Шеллинг рассматривает различные типы религиозного сознания (теизм, статический и динамический пантеизм) в их отношении к проблемам свободы, зла, теодицеи[51]. Когерентное согласование реальности свободы, зла как одного из возможных ее последствий, притом что Бог не оказывается виновником этого зла, возможно, по Шеллингу, только в случае динамического пантеизма, на основе различения в сфере божественного бытия Бога и Его природы, которая оказывается здесь тем «ничто», из которого творится мир[52].
В дальнейшем Шеллинг разрабатывает проект «положительной» философии, которая должна была быть одновременно христианской философией и философией христианства. Система позитивной философии складывается из четырех элементов: историко-философского введения, общей части – «Системы мировых эпох» и специальной части – «Философии мифологии» и «Философии откровения». В «Системе мировых эпох» Шеллинг выступает с критикой онтологического доказательства бытия Бога, которое, с его точки зрения, подменяет отношение свободного творения между Богом и миром отношением логического следования, христианское представление о личном, историчном Боге – безличной, пантеистической концепцией абсолютного[53]. Переход из сферы логически возможного в сферу исторически действительного возможен только через опыт «свершения мира», в котором раскрывается свободное действие Бога как его причины, как «Господа бытия»[54]. Моменты божественной жизни могут быть поняты как «миросозидающие потенции», определяющие собой смену качественно отличных друг от друга времен, эпох. Бог осуществляет свое сверхсубстанциальное единство через множественность потенций. Такое понимание Бога Шеллинг называет «монотеизмом» и противопоставляет его политеизму (отрицающему единство Бога), теизму (утверждающему Его отвлеченную единственность) и пантеизму (утверждающему субстанциальное всеединство)[55].
Полный круг философии религии включает, по Шеллингу, рассмотрение трех основных форм религиозного сознания: естественной религии (мифологии), сверхъестественной религии (откровения) и философской религии, возникающей из философского понимания и истолкования первых двух