Столь сложные задачи могли быть решены только при непосредственном участии представителей юриспруденции, как ученых, так и практиков, которые обеспечили бы процессу подготовки и реализации принятых положений по изменению судебной системы научную базу, воспользовавшись последними достижениями мировой юридической науки и практики и опираясь на передовой европейский опыт.
Первым шагом в проведении Судебной реформы стало реформирование следствия. В 1860 г. Государственным советом был принят Закон о судебных следователях. Проект Закона был разработан статс-секретарем Государственного совета С. И. Зарудным, специально изучившим для этого законодательство и практику европейских государств. Одновременно с данным законом был принят Наказ судебным следователям.
Этими документами предварительное расследование было отделено от дознания и передано в ведение следователей, состоявших при окружных судах (до реформы предварительное расследование находилось целиком в руках полиции). Данный принцип получил дальнейшее развитие в Учреждении судебных установлений – одном их четырех документов Судебной реформы, принятом наряду с Уставами уголовного и гражданского судопроизводства и Уставом о наказаниях, налагаемых мировыми судьями.
На начальном этапе подготовкой Судебной реформы руководил начальник Второго отделения Собственной его императорского величества канцелярии граф Д. Н. Блудов, разработавший проекты Положения о судоустройстве и Устава по преступлениям и проступкам, которые в течение 1860–1861 гг. обсуждались в Государственном совете, вызвав массу критических замечаний. Однако из-за сопротивления Блудова в проекты удалось внести лишь незначительные изменения.
Выход из сложившейся ситуации был найден, когда подготовка документов о судопроизводстве и судоустройстве была передана в Государственную канцелярию.
В специально созданную для этой цели комиссию вошли виднейшие государственные деятели того времени: сотрудник Государственной канцелярии А. П. Плавский, исполнявшие должность статс-секретарей Государственного совета Н. И. Стояновский и С. И. Зарудный, обер-секретарь общего собрания московских департаментов Сената К. П. Победоносцев и другие.
Комиссия, работу которой фактически возглавлял С. И. Зарудный, руководствовалась, в отличие от своих предшественников, теорией и практикой западноевропейского законодательства.