В эти же трудные годы в семье о. Алексия и матушки Анны Петровны родилась младшая дочь Ольга (1896). Их жизнь была бедна и убога.
Известен, в частности, такой случай. Как-то раз – в самый канун Рождества – о. Алексия пригласили причастить больную. Он с трудом отыскал где-то на чердаке маленькую убогую комнату. Здесь лежала тяжело больная женщина, а около нее сидели и ползали по полу полуголые дети. Крайняя нищета этого семейства по трясла о. Алексия. Он отдал несчастным все свои деньги, которые были приготовлены на Рождество. Когда батюшка вернулся домой, домашние стали просить денег, чтобы купить что-нибудь к празднику. Отец Алексий, сделав вид, что занят, велел обождать. В глубоком сомнении – правильно ли он поступил, оставив собственное семейство под праздник без копейки, – о. Алексий стал горячо молиться. Между тем, домашние еще раз спросили денег; он снова велел обождать. Под вечер, незадолго до начала все нощной, в дверь позвонили: принесли пакет с деньгами и записку с просьбой помолиться о таких-то родственниках. Батюшка был поражен милостью Божией за оказанную милость. Впоследствии он неоднократно приводил этот случай как свидетельство Промысла Божия.
Одновременно со служением в храме о. Алексий вел работу в Обществе народного чтения, посещал тюрьмы.
В воскресные и праздничные дни о. Алексий старался проповедовать. Обычно темы для проповедей он брал из евангельских и апостольских чтений или из жития дневного святого. Проповедуя, о. Алексий не старался поразить слушателей красноречием. Но все, что он говорил, шло от сердца и трогало слушателей искренностью и простотой. В своих проповедях о. Алексий старался напоминать о любви Божией, близости Бога к каждому, о милосердии Божием ко всем падшим, слабым, грешным.
Лишь на девятый год служения о. Алексия народ пошел в храм святителя Николая в Клен-никах.
В Синодальный период частое причащение не приветствовалось – обычно все исповедовались и причащались лишь раз в году – Великим постом. Но о. Алексий, подобно отцам Иоанну Кронштадтскому и Валентину Амфитеатрову, советовал обращавшимся к нему чаще приступать к исповеди и причастию. Вообще в Никольском храме, где настоятельствовал о. Алексий, можно было в любой день исповедаться и причаститься. Со временем это стало Москве известно.