Все это привело к резкому обострению русско-японских отношений и не могло не сказаться на Русской Духовной Миссии в Японии. Против владыки Николая и его паствы выступили все крупные издания, формирующие общественное мнение. Вот как писала о Православии газета «Нихон»: «Православная церковь является злостным местом, откуда сыплются проклятия на голову Японии и где молятся о ее поражении. Она всегда была центральным агентством шпионов, состоящих на русской службе. Японцам ненавистен купол русского собора, который, возвышаясь над всем городом, как бы шлет презрение самому императорскому дворцу, ненавистен храмовый колокол, который каждое воскресное утро своим гвалтом докучает мирному сну жителей». [1, с. 54]
Газеты называли святителя «ротаном» – то есть русским шпионом. Православные христиане назывались в Японии «Никораи но яцу», то есть николаевские негодяи, или «Суругадаи но яцу», то есть суругадайские негодяи. Устраивались открытые провокации. В частности, известен случай, когда некий японец начал шантажировать святителя, требуя денег и предлагая, с одной стороны, доставить ему секретные сведения, а в случае отказа донести на владыку как на русского шпиона. Но святой сам обратился к властям с просьбой оградить его и Миссию от подобных провокаций.
Предчувствуя войну, святитель Николай молился о примирении России и Японии, так как от грядущего конфликта, по его мнению, произойдут только беды для обеих стран. Но, к сожалению, его молитвы не возымели действия и война между Японией и Россией все-таки разразилась.
В 1903 году спор из-за русских лесных концессий в Корее и продолжающейся русской оккупации Маньчжурии привел к резкому обострению русско-японских отношений. Япония требовала, чтобы Россия очистила Маньчжурию, но император Николай II счел эти требования неприемлемыми.
27 января (9 февраля) 1904 года Япония начала войну нападением японского флота на русскую эскадру на внешнем рейде Порт-Арту-ра. Подданные России должны были покинуть Японию; в их числе был и равноапостольный Николай. Но православные японцы не хотели лишиться своего духовного отца – они просили святого остаться в Японии. И, несмотря на свою горячую любовь к России, епископ Николай принимает решение остаться со своей паствой. Посол России в Японии, барон Розен, уговаривал владыку вернуться на Родину, но святитель был непреклонен; он просил содействия, дабы ему было разрешено не покидать своей паствы.