Лишь благодаря решительным действиям капитана П. И. Рикорда удалось освободить российских моряков и немного успокоить взаимную неприязнь. В 1812 году бриг «Зотик» под командованием капитана Рикорда отправился к японским берегам. 8 сентября русские моряки задержали японское судно «Кандзэ-Мару» («Кансэ-Мару») с Такадая Кахэем – богатым и влиятельным японцем, который сообщил, что русские моряки живы и находятся в заключении. Тогда Рикорд принимает решение вернуться в Россию, взяв с собой Такадая Кахэема в качестве заложника. Переговоры с влиятельным японцем продолжались всю зиму – в конце концов, Рикорду удалось склонить Такадая Кахема к помощи в освобождении российских моряков. Такадая Кахем вернулся в Японию и обратился к сёгуну с просьбой отпустить подданных Российской империи. Еще год шли трехсторонние переговоры, результатом которых стало освобождение русских моряков и взаимная удовлетворенность сторон. Тем не менее, определенная предубежденность по отношению к русским у японцев осталась.
Впоследствии, в 1855 году между Россией и Японией был заключен Симодский трактат, благодаря которому равноапостольный святитель Николай и смог приехать в Японию. Согласно этому трактату для русских в Японии вводилась, по существу, консульская юрисдикция. Курильские острова к северу от острова Итуруп объявлялись владениями России, а Сахалин продолжал оставаться как совместное, нераздельное владение двух стран. Однако, несколько лет спустя вновь возникли территориальные споры из-за Курильских островов и острова Сахалин. Противоречия сторон были разрешены в 1875 году с подписанием Санкт-Петербургского договора, согласно которому Россия уступала Японии все Курильские острова в обмен на полноправное владение Сахалином.
К началу XX века противоречия между Японией и Россией вновь обострились. Император Николай II и его окружение считали очень важным усиление российского влияния на Дальнем Востоке – так называемая «Большая азиатская программа». Японское же правительство считало, что решающим на Дальнем Востоке должно быть именно японское влияние. В результате интересы Японии и России столкнулись в Маньчжурии и Корее.
Россия при поддержке европейских держав вступилась за Китай и Корею, которые по результатам японо-китайской войны не только попали в сферу влияния Японии, но и лишились части территорий, в частности Ляодунского полуострова в Маньчжурии. Однако, в результате русской интервенции в Маньчжурию Ляодунский полуостров отошел к России. Кроме того Россия претендовала на лесные концессии в Корее.