В приеме новых лиц в братию архимандрит Игнатий был очень внимателен. Его задачей было окружить себя людьми со способностями и силами, честными и порядочными, всецело преданными делу служения Церкви Христовой на любом, даже самом низком послушании. Согласно воспоминаниям Чихачева, этому очень помогало умение о. Игнатия выбирать людей и его знание сердца человеческого, которым он умел привязывать людей к делу, им доверяемому. Он искал развить в человеке преданность поручаемому ему делу и поощрял ее одобрениями и даже наградами и повышениями.
Однако, стараясь не принимать в Сергиеву обитель тех, кто своим поведением был способен бросить на нее тень, архимандрит Игнатий иногда отступал от этого правила, если видел в желающем поступить в его монастырь искреннее покаяние и желание исправления.
Принятые в братство послушники, равно как и все состоящие в обители иноки, никогда не были предоставлены сами себе. Настоятель осторожно вникал в келейную жизнь каждого, внушая всем использовать данное от Бога время во спасение. Он руководил чтением братии, рекомендуя каждому те или иные творения святых отцов, в зависимости от духовного уровня и наклонностей каждого брата. При этом архимандрит Игнатий старался не стеснять свободы своих учеников. Он стремился к тому, чтобы в его присутствии братия вела себя естественно, и поощрял радостное состояние духа своих учеников. Если же о. Игнатий замечал, что кто-либо из братии впал в уныние, то старался расспросить о причине этого, воодушевить словом утешения и всегда неизменно прибавлял: «Уныние не от Бога, исповедуй грех и будь весел». Непрестанное общение с о. Игнатием, ежедневное откровение помыслов облагораживали и совершенно перерождали души учеников святителя. Они были, по выражению одного из них, «всегда легки и веселы», летая на крыльях духовной радости, всегда были готовы исполнить любое послушание.
Количество братии Сергиевой пустыни с каждым годом увеличивалось. Особенно заметный приток искателей истинного монашеского жития был из Вологодской епархии, из тех монастырей, в которых некогда жил архимандрит Игнатий. Его светлый образ оставил след в памяти многих, и узнав, что он стоит во главе Сергиевой пустыни и успешно занимается духовным руководством, многие спешили к нему, чтобы под его мудрым водительством неуклонно шествовать по пути спасения.