Вместе с необходимыми постройками и учреждением порядков внутри обители настоятель архимандрит Игнатий должен был обратить свою деятельность и на другие отрасли ее благоустройства, именно, на поземельную собственность и сельское хозяйство. Как оказалось, всею землей, которая была приобретена еще основателем пустыни, пользовались незаконно крестьяне деревни Подмонастырской слободы, монастырь же имел лишь 25,5 десятин, занимаемых огородом и покосом, и хлопоты монастыря о восстановлении его прав на эту землю, несмотря на неоспоримость его документов, остались безуспешными.
В 1835 году архимандрит подал прошение о восстановлении на монастырской земле межевых знаков и о скорейшем разборе прав на владение землей, неправильно присвоенной крестьянами. Спорное с крестьянами дело о земле решено в 1836 году тем, что хотя земля признана принадлежащей монастырю, но в видах затруднения выселиться с нее крестьянам, основавшимся на ней с 1765 года, положено, по соглашению с настоятелем, разделить землю на две части: восточную сторону, на которой стоит монастырь, по линии от севера к югу отдать ему, а западную, на которой поселились крестьяне, уступить им. Давая свое согласие на такой исход дела, архимандрит Игнатий писал: «Думаю, что преподобный Сергий лучше бы согласился уступить часть достояния своего, чем причинить огорчение крестьянам переселением их, чему простые сии люди не иначе повинуются, как предаваясь неутешной печали и горьким слезам. Посему и я, поверенный преподобного Сергия, как в сем деле, так и в прочих, до обители его касающихся, должен соображаться с благоутробием своего настоятеля».
В то же время архимандрит Игнатий устроил монастырское хозяйство, прекратив отдачу в аренду небольшого участка земли, оставшегося во владении обители, где был заведен огород и скотный двор, был улучшен монастырский сад. Благодаря этому монастырь стал пользоваться круглый год овощами из своих огородов, ржаного хлеба хватало на весь год, а скотный двор давал для братской трапезы в изобилии молочные продукты.
Духовное устроение братии
Сразу же после того, как Сергиева пустынь была приведена в более-менее жизнеспособное состояние, архимандрит Игнатий озаботился духовным устроением братии. Много трудов было положено архимандритом Игнатием для перевоспитания прежней братии обители. Здесь он проявил редкое терпение и снисходительность к человеческим слабостям. С первого же дня архимандрит Игнатий стал принимать к себе желающих на откровение помыслов. Двери его кельи были всегда открыты для всех. Число посещающих настоятеля братий с каждым днем росло, пока вся братия не составила одну великую семью, управляемую одним отцом, связанную союзом согласия и духовного единения, одушевляемую и руководимую высоким учением отца-наставника.