С мудрой осторожностью принялся святитель Игнатий за возрождение Бабаевской обители. Своим наместником сделал он игумена Иустина, благочинным монастыря был назначен иеромонах Каллист, а иеромонах Феофан сделан вторым духовником. Им всем предстояло сделать очень многое. Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища – все было улучшено. Под руководством игумена Иустина был устроен хороший монастырский хор.
Некоторое время спустя, весной следующего года в обители начался капитальный ремонт. Были перестроены кельи, предназначенные для самого святителя Игнатия, также капитально отремонтирован был весь братский корпус. Была отремонтирована и меблирована монастырская гостиница, расположенная рядом с обителью. Так как на это требовались значительные средства, всю свою пенсию святитель Игнатий отдавал на нужды монастыря.
Чтобы обеспечить монастырь собственным хлебом, на восьмидесяти десятинах монастырской земли было заведено правильное хлебопашество. Поскольку земля была болотисто-песчаной, прорыты канавы для осушки болот, и чрез них болотная вода спущена в Волгу. Также было улучшено и остальное монастырское хозяйство.
Следующим этапом преобразования Николо-Бабаевской обители стало храмостроительство. Это было необходимо, поскольку с поселением в обители святителя Игнатия резко возрос поток богомольцев, желающих посоветоваться с великим старцем. А Никольский храм был очень мал, храм же во имя Иверской иконы Божией Матери находился в аварийном состоянии.
Для сооружения просторного храма были нужны значительные средства. Благодаря духовному авторитету святителя Игнатия быстро нашелся жертвователь – строитель-подрядчик ярославский, мещанин Федотов, пообещавший все строительные работы исполнить своими рабочими безвозмездно и пожертвовать для начала 1000 рублей. Святитель Игнатий вызвал из Санкт-Петербурга знакомого ему архитектора, профессора Академии художеств И.И. Горностаева, и поделился с ним своими идеями. В результате был составлен проект величественного храма. Также было получено разрешение Святейшего Синода на разбор ветхого Иверского храма.
С понедельника второй недели Великого поста началась разборка старого храма; дело шло быстро, кирпич заготовлялся на заводах, устроенных при монастыре, добывался на месте дикий камень, который пошел в цоколь здания, распланирована была местность, так как новый храм воздвигался немного далее вглубь берега, размеры фундамента обозначены; твердый грунт не требовал свайных укреплений; предположено было с наступлением весны приступить к сооружению здания; ждали утверждения проекта, которое замедлилось. Министр путей сообщения находил, что архитектурные линии в нем слишком смелы, чтобы могли быть благонадежно исполнены; только по личным объяснениям архитектора Горностаева министерство согласилось на утверждение.