В начале XVIII века о. Василий, вероятно, овдовев, принимает постриг с именем Варлаама в Переславском Борисо-Глебском монастыре. Вскоре он был избран настоятелем этой обители. При этом он по-прежнему наезжает в Москву и продолжает общение с высокопоставленными духовными чадами. Есть предположение, что именно о. Варлаам наставлял в истинах Православия подругу императора Петра I Марту Скавронскую, и он же впоследствии в 1707 году совершил над ней чин присоединения к Православной вере. Ставшая
Екатериной Алексеевной Марта также избирает игумена Варлаама своим духовником.
Около 1709 года о. Варлаам был назначен настоятелем Свято-Троицкого Данилова монастыря в Переславле с возведением в сан архимандрита. Пребывая в Борисоглебском и Даниловском монастырях, о. Варлаам старался украсить и обновить старые храмы и воздвигнуть новые. Архимандрит Варлаам, как духовник высочайших особ, часто наезжает в Петербург, бывает в присутственных местах, в торжественных собраниях и при различных церемониях.
В 1726 году архимандрит Варлаам, по указу императрицы Екатерины I, назначен настоятелем Троицко-Сергиевой лавры. Настоятельство архимандрита Варлаама было благодетельно для Лавры и оставило о нем добрую память, особенно в отношении ее внутреннего и внешнего благоустройства.
Примерно в это же время, хотя точная дата неизвестна, архимандрит Варлаам становится духовником Курляндской герцогини Анны Иоанновны. Известно лишь, что в описании ее коронации он уже упоминается как духовник.
Архимандрит Варлаам переехал в Петербург вслед за императрицей и поселился на Троицком подворье, построенном на месте, которое было пожаловано Лавре Петром I. Он был назначен в состав конференции Синода с Сенатом, но и в звании присутствующего члена Синода ни разу не был в его собрании и не подписывался под его протоколами. При дворе архимандрит Варлаам был весьма уважаем за строгую жизнь и благочестие.
Но пребывание в столице было тягостно для него. Тогда, в 1732 году, императрица Анна Иоанновна, по кончине сестры своей царевны Екатерины Иоанновны, подарила духовнику принадлежавшую царевне дачу на Петергофской дороге.
Этот подарок и положил начало Сергиевой пустыни. Архимандрит Варлаам устроил на даче церковь во имя преподобного Сергия и поселил при ней небольшую братию. Пустынь была приписана к Свято-Троицкой Сергиевой лавре, чем и было узаконено ее существование.