В 1897–1898 гг. Свято-Троицкий собор был вновь отреставрирован, расписан внутри, получил новые иконостасы и новые образа. 1 октября 1899 г. он был освящен епископом Лаврентием.
После прославления свт. Иоасафа, его мощи были перенесены в собор и положены в серебряной раке. Поток паломников к ним увеличился. Продолжала сохраняться как святыня и пещерка святителя. В ней оставался прежний дубовый гроб, в котором мощи пролежали более полутора веков, жезл святителя и фамильная икона Владимирской Божией Матери, которой родители благословили своего сына на пастырское служение.
В декабре 1920 г. мощи прп. Иоасафа Белгородского были изъяты из Свято-Троицкого собора. После этого собор был закрыт, а статус кафедрального храма перешел к Преображенскому собору. В 1930-х гг. Троицкий собор был взорван, монастырские постройки снесены, а после Великой Отечественной войны территорию, на которой когда-то находился монастырь, застроили жилыми домами. Сегодня о некогда стоявшем здесь храме напоминает только название Свято-Троицкого бульвара, в прошлом являвшегося частью соборной площади.
Преображенский кафедральный собор. Главным храмом епархии является Преображенский кафедральный собор. Здесь находятся две самые почитаемые святыни епархии – нетленные мощи свт. Иоасафа и икона Николы Ратного.
Первая деревянная Преображенская церковь впервые упоминается в Писцовых книгах в 1626 г. Находилась она на левом берегу реки Северский Донец, на территории современного Старого города. Потом ее перенесли на правый берег Донца (территория современного парка Победы).
В начале XIX в. архиепископ Белгородский и Курский Феоктист (Мочульский) предложил объединить две ветхие церкви – деревянную Преображенскую и каменную Ильинскую в одну, и подыскать для нее подходящее место. Городничий И.П. Леонтьев в качестве такого места предложил Базарную площадь близ Курской улицы. Средства на постройку храма белгородцы собирали всем миром. Сооружался храм по проекту харьковского архитектора Евгения Алексеевича Васильева, строителя Успенского собора в Харькове. В 1813 г. была освящена новая двухэтажная церковь, ставшая памятником победы русского оружия над Наполеоном. В первые два десятилетия своего существования она называлась Преображенско-Ильинско-Александра Невского церковью, так как в ней имелось три престола: Преображения Господня и Ильи Пророка, перешедшие от старых церквей, и один новый престол в честь св. князя Александра Невского. Впоследствие престол Александра Невского был упразднен, а вместо него созданы три новых: в честь свв. жен-мироносиц, Богоявления Господня и иконы Божией Матери «Знамение». Прихожанами новой церкви были жители Белгорода, купцы, дворяне, мещане, однодворцы, крестьяне, а также малороссияне пригородной слободы Красной, всего сто восемьдесят шесть человек. При храме действовала двухклассная церковно-приходская школа.