16 сентября 1991 г. во время крестного хода, совершенного в честь второго обретения нетленных мощей свт. Иоасафа, первым храмом Белгорода, принявшим святыню, стал Николо-Иоасафовский собор. После совершения молебна, рака со святыми мощами была перенесена в Спасо-Преображенский собор, который вновь получил статус кафедрального собора. В память этого было решено ежегодно, в праздник Преображения Господня, переносить раку с мощами свт. Иоасафа в Николо-Иоасафовский собор, а 17 сентября возвращать обратно в Преображенский, в годовщину второго обретения святых мощей.
Смоленский собор. В ночь на 15 октября 1703 г. чудесно прославилась Смоленская икона Божией Матери Одигитрия («Путеводительница»), находившаяся над вратами белгородской крепостной стены. Больные и увечные, прикладываясь к образу, стали получать исцеление. Людской поток к иконе увеличивался с каждым днем, и в 1705 г. вблизи иконы была построена деревянная Смоленская церковь. Она простояла недолго, сгорев в очередном городском пожаре.
В первой трети XVIII в. архиепископом Белгородским и Обоянским Петром (Смеличем) был заложен каменный двухэтажный храм. В его нижнем этаже в 1743 г. был освящен престол во имя Смоленской иконы Божией Матери, а в верхнем, в 1760-х гг. – во имя свв. апостолов Петра и Павла. Храм возведен в стиле барокко, нехарактерном для Белгородской области.
В 1825 г. на средства купца Михаила Константиновича Мачурина интерьер верхнего храма был убран мрамором. В 1839 г. был освящен третий престол, во имя Архистратига Михаила, покровителя М.К. Мачурина. Главной святыней храма по-прежнему оставалась чудотворная Смоленская икона Божией Матери. При храме стала действовать церковно-приходская школа.
В 1920-е гг. Смоленский храм был закрыт, его переоборудовали под складское помещение. Чудотворная Смоленская икона Божией Матери стала скитаться до домам верующих. В 1930-е гг., короткое время, в бывшем Смоленском храме размещался краеведческий музей. Во время Великой Отечественной войны здание получило настолько сильные повреждения, что неоднократно предпринимались попытки его взорвать, как «не подлежащее восстановлению». Но в конце 1980-х гг. было принято решение реконструировать храм и разместить в нем органный зал.
В 1992 г. здание храма было возвращено Русской Православной Церкви. В 1994 г. освятили нижний храм и перенесли в него сохраненную чудотворную Смоленскую икону Божией Матери. В Великий четверг 1995 г. был возобновлен колокольный звон, а в 1996 г. епископом Белгородским и Старооскольским Иваном был освящен верхний храм.