Расцвет Московского княжества пришелся на середину XIV в. Церковь тогда возглавлял выдающийся политик св. митрополит Алексий. В Радонеже совершал духовный подвиг прп. Сергий, взрастивший целый сонм русских подвижников. С благословения самого прп. Сергия, трудами его учеников, было основано множество монастырей как в самом Московском княжестве – Спасо-Андроников, Симонов, Николо-Пешношский, Саввин-Сторожевский, Лужецкий, Серпуховской Высоцкий, Голутвинский в Коломне, Троицкий Белопесоцкий, так и далеко за его пределами – Авраамиево-Городецкий, Стефано-Махрищский, Благовещенский в Киржаче, Иаково-Железноборовский, Пахомиево-Нерехтский, Богоявленский в Костроме, Макариево-Писемский. Конец столетия однако ознаменовался новыми испытаниями. В 1380 г. произошла Куликовская битва. Через 15 лет на обескровленную Русскую землю двинулись несметные полчища Тамерлана. Тогда оставалось уповать только на Божью помощь, и великий князь Василий I повелевает перенести в Москву чудотворную Владимирскую икону Божией Матери.
Объединение княжеств в единое и сильное государство – Московскую Русь, произошло в правление Ивана III (1440–1505), когда под руку великого князя перешли все уделы. Венчания на царства стали совершаться в московском Успенском соборе, а официальной идеологией стало принятие Москвы как «Третьего Рима» – наследника Рима и Константинополя.
В конце XV – середине XVI вв. в церковно-общественных кругах возникают два противоборствующих течения: иосифлян, возглавляемых прп. Иосифом Волоцким и поддерживавших интересы крупного монастырского землевладения, и нестяжателей, последователей св. старца Нила Сорского, выступавших против «стяжания» церковью имущества.
Краткий, но мрачный период «Смутного времени» (1598–1613) характерен борьбой боярских родов за власть, неурожаями и голодом. Гибель в Угличе сына Ивана Грозного, юного Дмитрия, спровоцировала появление самозванцев. При поддержке польского короля Сигизмунда, Москву занял Лже-Дмитрий I (Григорий Отрепьев), а после его гибели объявился Лже-Дмитрий II (Тушинский вор). С 23 сентября 1608 г. по 12 января 1610 г. продолжается легендарная осада Троице-Сергиева монастыря. Однако после отступления поляков умирает верный полководец царя Василия Шуйского Михаил Скопин-Шуйский. Заговорщики смещают царя с престола, а Москва присягает польскому королевичу Владиславу.