Масштабные достижения в деле исследования русско-греческих церковных связей принесли Каптереву заслуженную известность в научных кругах. В 1894 г. он избирается действительным членом «Общества истории и древностей российских» при Московском университете. В 1894 г. приходит признание и по другой линии – его избирают старостой Сергиева Посада на четыре года, а в 1898-м переизбирают на следующий срок. На этом посту он предпринял ряд мер по благоустройству города и улучшению его образовательных заведений.
В 1895 г. вышла его книга «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», за которую в 1899 г. он получил очередную половинную премию митрополита Макария.
В 1896 году Советом Академии Н.Ф. Каптерев был выдвинут на должность ординарного профессора и, несмотря на происки своих недоброжелателей, утвержден в этой должности 3 января того же года, а спустя два года, 27 января 1898 года, был награжден уже званием заслуженного профессора. С 1896-го и до 1905 года он также состоял членом Совета Академии.
В мае 1896 года Н.Ф. Каптерев как городской староста от имени жителей Сергиева Посада приветствовал августейших паломников, императора Николая II Александровича и императрицу Александру Федоровну, которые после коронации в Москве, по традиции, приехали на богомолье в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру.
Николай Федорович Каптерев не состоял членом Императорского Православного Палестинского Общества, созданного с целью поддержания Православия на Святой Земле, организации и помощи русским паломникам в их путешествии в Палестину и пребывании в ней, а также научной и популяризаторской деятельности. Тем не менее круг научных занятий Каптерева тесно соприкасался с историей русско-палестинских связей. Поэтому в «Православном Палестинском сборнике» за 1895 год была опубликована его монография «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», а в 1898 году «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством в текущем столетии (1815–1844 гг.)». Летом 1900 года он совершил паломническую поездку во Святую Землю, которая была организована Московской Духовной Академией при активном содействии Общества. Паломническую группу Академии возглавил ее ректор епископ Волоколамский Арсений (Стадницкий).