Появление этой книги вызвало бурю в официальных церковных кругах, особенно тех, что занимались полемикой со старообрядчеством. Автора обвиняли в подрыве основ и самой каноничности Русской Православной Церкви. Инициатором гонений на Каптерева вновь стал тот же Н.И. Субботин, добившийся у Победоносцева прекращения печатания его исследования, из которого в то время (в 1887 г.) смогла появиться лишь первая часть, да и то тиражом всего лишь 400 экземпляров.
Нечего и говорить, что и эта попытка добиться степени доктора истории не увенчалась успехом. Лишь в 1909-м и 1912 годах вышли в качестве продолжения первой части, напечатанной в 1887 г., оставшиеся части работы Каптерева о патриархе Никоне.
Наученный горьким опытом Каптерев предпринял третью попытку добиться искомой степени, подготовив диссертацию под названием «Сношения Иерусалимского патриарха Досифея с Русским Правительством (1669–1707 гг.)», тема которой была достаточно нейтральной. Основной материал по избранной теме был уже собран Каптеревым во время его работы над первым исследованием, теперь же он его лишь дополнил другими материалами, в основном выдержками из сочинения Досифея «История Иерусалимских патриархов». На этот раз исследование не вызвало никаких принципиальных возражений у его оппонентов и было напечатано в 1891 году с присуждением за нее автору половинной премии митрополита Макария, а 16 декабря того же года Н.Ф. Каптерев наконец получил и давно желанную для него степень доктора.
Надо сказать, что материалы, собранные о личности и деятельности патриарха Досифея, Каптерев смог неоднократно использовать в своих работах. Так, части, посвященные Досифею, занимают большой объем в таких его работах, как «Характер отношений России к православному Востоку» и «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», и это не говоря уже об отдельном названном выше сочинении, посвященном собственно Досифею, принесшем Каптереву степень доктора церковной истории. Все они представляют набор одних и тех же сведений, одних и тех же цитат, практически не отличаясь друг от друга.
В 1890-х годах к Н.Ф. Каптереву стало приходить не только общественное и научное, но и официальное признание. Может быть, это было связано с ослаблением позиций К.П. Победоносцева и уходом на пенсию Н.И. Субботина.