В самом деле, перед нами не история отношений России и православного греческого Востока, а лишь ее набросок, опирающийся на одну группу источников, изданных не целиком, а приведенных в выписках самого Каптерева. И потому отношение к данному труду не может не быть несколько настороженным: естественно возникает вопрос о критериях отбора материалов и его полноте. Перед нами исследование, претендующее на выдвижение серьезных обобщений по заданной теме, сводящееся, впрочем, к тому, что автор делает очевидные наблюдения над содержанием прочитанных и приводимых им в выдержках документов. Большим недостатком метода работы Каптерева является его манера в качестве вывода тут же, и причем довольно пространно, пересказывать приведенный им документ своими словами, хотя это является совершенно излишним (причем непомерно увеличивает объем текста), так как содержание документа вполне однозначно и ни в каком толковании не нуждается. Это, а также чрезвычайно многочисленные повторы одних и тех же мыслей, выраженных одними и теми же словами, заставляет судить о способе подачи Каптеревым материала как далеко не оптимальном. Таким образом, как к настоящему, так и к остальным трудам Каптерева по истории сношений России с Востоком приходится относиться как к своего рода корпусу сведений по отдельным аспектам этих сношений при малой доступности самих хранящихся в архивах подлинных документов, как в их русском переводе, так и в греческом оригинале. Как и во времена Каптерева, разработка данной тематики в настоящее время находится на уровне поиска, извлечения и систематизации исторического материала – до его критической оценки и написания на его основания адекватной истории отношений России с православным миром еще весьма и весьма далеко.
Все сказанное относится также и к другим произведениям, посвященным этой тематике: «Сношения Иерусалимского патриарха Досифея с Русским Правительством (1669–1707 гг.)», «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия» (главы I–VIII) и «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством в текущем столетии (1815–1844 гг.)», а также к ряду статей.
Вторую попытку получить докторскую степень по церковной истории Н.Ф. Каптерев предпринял, написав сочинение под названием «Патриарх Никон и его противники в деле исправления церковных обрядов» (М., 1887), посвященное различным аспектам драматических событий, разыгравшихся в XVII веке вокруг фигуры и дел патриарха Никона.