Слова сии сильно обрадовали великого князя, заветной мечтой которого было освобождение от ига татарского. Зная, что предсказание святого архиепископа в точности сбываются, Василий обещал святителю Ионе отложить всякий гнев на новгородцев и даровать им мир. Он дал в сем слово архиепископу пред митрополитом. По окончании сей беседы новгородский архипастырь прослезился. Недоумевая о сем, великий князь и митрополит спросили святителя о причине его слез.
– Кто может, – ответствовал им святой, – унизить и смирить такой сильный и многолюдный город, как наш? Только сами граждане своими усобицами. Лишь о том молю Господа, чтобы не было сего во дни мои.
Так святой Иона ясно предвидел будущее падение Новгорода. Зная сие, он испросил у Василия и его сына Иоанна право суда для любимой Отней обители. Князья охотно исполнили просьбу святителя. Они дали ему грамоту с великокняжеской своей печатью.
Великий князь так твердо верил словам новгородского владыки, что тогда же написал духовную. Назначив в ней уделы своим сыновьям и супруге, великий князь определил в ней собирать дань для татар только до тех пор, пока они еще имеют власть над Русской землей.
«Но наступит время, – говорил здесь Василий, – когда власть их рухнет, и Господь избавит русских князей от их ига – тогда князья уже не должны более вносить великому князю дани для уплаты ордынскому хану».
После сего святитель Новгородский отправился к своей пастве. Князь и бояре с честью провожали уважаемого архипастыря. С не меньшей любовью встретили граждане Новгородские своего владыку, который так горячо ходатайствовал за них перед великим князем. Прибыв в свою епархию, святитель немедленно исполнил данное им обещание – построил первый в Новгороде храм в честь преподобного отца нашего Сергия Радонежского. Он со всяким благолепием украсил новый храм, снабдил его богослужебными книгами и иконами и часто посещал его. Святой Иона много заботился о духовном просвещении своей паствы; сам отличаясь большой начитанностью и глубоким знанием Божественного Писания, он желал, чтобы и духовные его чада могли поучаться и иметь для назидательного чтения описание знаменитых подвижников Новгородской области. Для сего, по согласию с митрополитом всероссийским святым Ионою, Новгородский архипастырь поручил прибывшему со Святой горы ученому иноку Пахомию Логофету пересмотреть и написать некоторые жития святых. Кроме того, до нас дошло несколько богослужебных книг, писанных по благословению архиепископа Ионы.