Через 54 дня после начала штурма султан Мехмед вошел в город, разрушенный осадой и разоренный грабежами. Императора Константина найти не удалось. Большинство летописцев XV века, и восточных, и западных, сходятся во мнении, что он был убит в сражении, но поскольку местонахождение его тела было и остается неизвестным, появились легенды о его судьбе и различных местах в городе, считающихся его могилой. Предстоявшая османам работа по восстановлению города обескураживала. Историк Дука сообщает, что султан Мехмед призвал византийского государственного деятеля Луку Нотару и задал вопрос, почему император не сдал ему город, предотвратив таким образом его разрушение.
Первая пятничная молитва после завоевания была проведена шейхом Акшемседдином в соборе Святой Софии, императорской церкви Юстиниана, превращенной в мечеть. Султан Мехмед, предположительно, сначала вошел в Святую Софию в сопровождении Турсун-бея, который видел и описал убранство церкви, внушившее ему благоговение и изумление. Для превращения христианской византийской церкви в мусульманскую османскую мечеть нужно было только убрать из нее атрибуты христианского ритуала – кресты и колокола – и заменить их принадлежностями мусульманского культа: молельной нишей, кафедрой проповедника и минаретами. Позднее Мехмед добавил к этому комплексу теологическую школу. Участвовавшие в осаде знамена были вывешены в память о его великой победе, а молитвенные ковры, предположительно принадлежавшие пророку Мухаммеду, переопределили религиозный характер церкви. Историк XIX века Ахмед Лутфи-эфенди утверждает, что Мехмед приказал сохранить в Святой Софии изображения «лица ангела», и исследование показало, что такие священные мозаики, как Пантократор, были видны вплоть до правления султана Ахмеда I в начале XVII века, когда их закрасили в период нетерпимого отношения к антропоморфным изображениям. Мозаики, невидимые из центрального молитвенного пространства, оставались незакрытыми до начала XVIII века. Османы даже не изменили названия здания, а просто произносили его на турецкий манер как «Айясофью».
Возле Айя Софии на вершине колонны стояла верховая статуя Юстиниана с золотой державой в руке, установленная в 543 году н. э. Жители империи считали эту статую талисманом, разрушение которого предвещало бы конец Византии. Как и многие путешественники, включая Иоганна Шильтбергера, проведшего в Константинополе три месяца по дороге домой после многих лет в плену на Востоке, османы воспринимали державу как изображение «Красного яблока», и через три года после завоевания статуя была снята – символическое действие, направленное против возвращения побежденной императорской власти. Живя в Стамбуле в 40-х годах XVI века, французский гуманист Пьер Жиль видел, что осталось от статуи на территории дворца Топкапы: «Среди фрагментов были нога Юстиниана, превосходившая мой рост, и его нос, более девяти дюймов длиной. Я не отважился измерять ноги лошади, что лежат на земле, но украдкой измерил одно из копыт и обнаружил, что в высоту оно девять дюймов».