Во второй половине XVII – XVIII вв. интенсивно шел процесс усиления эксплуатации феодально-зависимого населения, что вело к обострению классовой борьбы в стране. Страну потрясли антифеодальные выступления крестьян. Весьма часты были восстания низов посадского населения. Активно выступали против национального и социального гнета покоренные народы. В XVIII в. частыми были волнения на мануфактурах. Борьбу с антифеодальными выступлениями во второй половине XVII в. вели приказы. Общее руководство ею осуществлял Разбойный приказ. В Москве эти функции исполнял Земский приказ. Наиболее крупные политические процессы разбирались в Приказе тайных дел (например, дела Степана Разина, а также вождя раскольников – Аввакума и др.). В конце XVII в. следствие и суд по политическим делам были сосредоточены в Преображенском приказе. При ведении следствия широко применялись жестокие пытки. Так, из 365 человек – участников восстания в Астрахани – 45 человек умерли от пыток. Преображенский приказ был главным судебно-карательным органом абсолютной монархии по борьбе со своими классовыми противниками – крестьянами, более 70% всех судебных процессов, проведенных Преображенским приказом, были процессами против крестьян, посадских людей, выступавших против власти дворян. Подобные процессы обычно кончались вынесением смертных приговоров. Преображенский приказ решительно выкорчевывал боярскую оппозицию, пресекал антипетровские выступления некоторых представителей духовенства.
Беспощадно карал Преображенский приказ восставших стрельцов; после ужасных пыток было казнено 799 человек. Преображенский приказ подчинялся лично царю, причем Петр I сам нередко участвовал в допросах. В 1718 г. возник новый карательный орган – Тайная канцелярия. Первоначальной целью се создания было расследование дела о побеге за границу сына Петра I, царевича Алексея. Тайная канцелярия, так же как и Преображенский приказ, осуществляла следствие и суд по политическим преступлениям, разбирая в основном дела, возникшие в Петербурге и в округе. В 1726 г. Тайная канцелярия, а в 1729 г. Преображенский приказ ликвидируются и их полномочия переходят сначала к Сенату и Верховному Тайному Совету, а затем – к созданной в 1731 г. Канцелярии тайных розыскных дел. Из-за крайней непопулярности правительство было вынуждено в 1762 г. ее упразднить. Но в том же году была учреждена Тайная экспедиция Сената, причем почти все чиновники упраздненной канцелярии вошли в состав этого органа. Тайная экспедиция подчинялась генерал-прокурору и находилась под контролем императрицы Екатерины II. Особенно бурную деятельность Тайная экспедиция развернула во время крестьянской войны 1773—1775 гг. Она расследовала дела Е. И. Пугачева и его ближайших сподвижников, занималась делами А. Н. Радищева, Н. И. Новикова и других передовых людей того времени. Кроме Тайной экспедиции создавались многочисленные секретные следственные комиссии для расследования определенных дел. Особенно широкую деятельность развернули секретные комиссии в 1773—1775 гг., когда карательные мероприятия государства против восставших крестьян приобрели громадные масштабы. В распоряжении комиссий были воинские команды, начальники которых наделялись полномочиями наказывать крестьян кнутом и плетьми на месте и выносить смертные приговоры с последующим утверждением руководителя секретной комиссии. При допросах часто применялись пытки, хотя Екатерина II декларировала их недопустимость. За участие в восстании 1773—1775 гг. были осуждены свыше 20 тыс. человек. В начале XVIII в. появляется новый орган в системе государственного аппарата – полиция, выполнявшая важную задачу по охране крепостнического строя. Первоначально полицейские органы были созданы в Петербурге и в Москве. В 1718 г. учреждается должность генерал-полицеймейстера в Петербурге, в 1722 г. в Москве – обер-полицеймейстера. Они возглавляли канцелярии полицеймейстерских дел. Полиция опиралась в своей деятельности на старост улиц и десятских, избираемых из купцов и ремесленников.